Conventos  Poco antes de que Francisco de Montejo asumiera el gobierno de Yucatán, llegaron a Campeche los primeros misioneros franciscanos procedentes de México y de Guatemala. En diciembre de 1545 arribaron los frailes Luis de Villalpando, superior del grupo, Juan de Albolate, Ángel Maldonado, Lorenzo de Bienvenida, Melchor de Benavente y Juan de Herrera. Tras iniciar su obra misionera y establecer el monasterio e iglesia de Campeche, parte del grupo religioso se dirigió a Mérida, donde Montejo el Mozo les concedió uno de los montículos de la antigua Ichcaansihó para que construyeran su convento. Luis de Villalpando y Melchor de Benavente comenzaron con la actividad evangelizadora en esta localidad, y para 1547 se incorporaron más misioneros franciscanos, con lo que pudieron ampliar su área de acción.

Villalpando se dirigió a Maní, Juan de la Puerta, a Conkal y Diego de Landa, a Izamal, y en cada uno de estos pueblos se edificaron iglesias y conventos con el aporte no remunerado de trabajo y materiales de construcción por parte de los indígenas, de acuerdo con el modelo de movilización gratuita del trabajo. La influencia que los franciscanos ejercieron en la formación de la sociedad yucateca fue decisiva y su papel de mediadores en las relaciones de convivencia entre españoles y mayas les generó fuerte oposición entre los encomenderos que buscaban obtener el mayor provecho económico de la explotación de los indígenas. En el curso de la segunda mitad del siglo XVI y la primera del XVII, los franciscanos ampliaron más su campo de acción, inclusive en la esfera de la vida política de la provincia, lo que trajo consigo constantes choques con los gobernantes. Matos de Coronado, obispo de Yucatán, reportó en 1736 que existían 29 conventos franciscanos en toda la Península, de los cuales 24 tenían iglesias abovedadas y extensas instalaciones.

En tanto, el Catálogo de Construcciones Religiosas del Estado de Yucatán (1923) relaciona 30, aunque no incluye dos de los tres conventos construidos en Mérida. En orden cronológico, se erigieron conventos en Campeche (1546), Mérida (1547), Maní (1549), Conkal (1549), Izamal (1549), Sisal de Valladolid (1553), Homún (1561), Calkiní (1561), Tizimín (1563), Motul (1567), Dzidzantún (1567), Tekax (1576), Tekantó (1576), Hecelchakán (1579), Hunucmá (1581), Oxkutzcab (1581), Tinum (1581), Umán (1585), Ticul (1591), Temax (1591), Maxcanú (1603), Telchac (1603), Cansahcab (1609), Tecoh (1609), Teabo (1609), Muna (1609), Mocochá (1609), Cacalchén (1609), Chichimilá (1609) y Mama (1612). En su Historia de Yucatán, Cogolludo señala que fue Juan Pérez de Mérida el arquitecto que edificó gran parte de los monasterios. Este hombre, que siendo soldado de la Conquista abandonó las armas para vestir el hábito de San Francisco, dirigió las edificaciones de gran parte del convento de Mérida y todos los de Maní, Izamal, Sisal de Valladolid, así como porciones de otros más.

En la ciudad de Mérida, los franciscanos construyeron dos conventos, el de la Asunción, conocido comúnmente como «convento mayor» o «grande de San Francisco» y el del Tránsito de Nuestra Señora, o de la Mejorada. El primero, obra del siglo XVI que ya no existe, se ubicaba en los terrenos del actual mercado municipal y fue la casa matriz de los franciscanos. El segundo, data del siglo XVII y aún continúa ofreciendo servicios a la comunidad: la iglesia, como templo parroquial, y el convento, ya restaurado, como sede de la Facultad de Arquitectura de la Universidad Autónoma de Yucatán. El tercer convento asentado en Mérida, y destinado a monjas, se estableció con el apoyo del gobernador Antonio de Vozmediano, tomando posesión sus primeras ocupantes el 22 de junio de 1596. Las religiosas fundadoras procedían del convento de la Concepción de México y se les conoció como las concepcionistas.

Años más tarde, el gobernador Carlos de Luna y Arellano puso la primera piedra de la iglesia y en 1636 se abrió al culto. Este conjunto es conocido actualmente como Las Monjas. El convento fue suprimido en 1863 y desalojado el 12 de octubre de 1867. En 1920 el templo fue devuelto al clero, siendo reconsagrado como iglesia parroquial. Al término del siglo XVII los franciscanos enfrentaron el problema de una creciente demanda del clero secular y finalmente, el 1 de febrero de 1821, llegó a Mérida el decreto de las cortes españolas de 1 de octubre de 1820, por el cual se clausuraron los monasterios de las órdenes mendicantes en todos los dominios de Fernando VII. En Yucatán se aplicó la disolución automática de todos los conventos, con la excepción de dos capitalinos y los de Ticul y Calkiní. Como la ley estipulaba que no podían existir más de dos conventos de la misma Orden por ciudad y no podían tener menos de 12 religiosos, las autoridades tomaron la decisión de cerrar en Mérida el de San Francisco y conservar el de La Mejorada, así como el de Monjas. Tras la caída del imperio de Maximiliano de Habsburgo y la restauración de la República, se clausuraron los conventos de La Mejorada, las concepcionistas, Ticul y Calkiní.