Cofradía  Institución de origen cristiano, con fines piadosos y de caridad, promovida y ligada al clero regular y secular. Regulada en el libro I, título IV, de la Recopilación de las Leyes de Indias, fue traída por los españoles a la América Colonial. La introducción de la cofradía a la Nueva España y su desarrollo posterior se llevó a cabo durante los siglos XVI, XVII y XVIII. La primera cofradía fue erigida en la Ciudad de México, bajo los auspicios de Hernán Cortés en 1519 y se le nombró «La Limpia Concepción de Nuestra Señora». Diversas opiniones hay entre los historiadores respecto de la estructura y funcionamiento de las cofradías; para algunos esta institución tuvo como fin congregar a la población de la Nueva España y facilitar la catequización y la recolección de tributo; para otros, tuvo un carácter de cohesionador social a fin de facilitarle a la Corona su política de dominación, aunque con el tiempo se transformó más en una empresa económica que social. Las primeras cofradías en Yucatán comenzaron a funcionar a mediados del siglo XVI, impulsadas por los franciscanos, combinando la solidaridad religiosa y los entierros de los difuntos. Fue Francisco de Montejo, el Adelantado, quien instituyó la primera de ellas, con el fin de incrementar el culto cristiano en la Península, en función de un santo patrono o titular. Aunque la cofradía española era urbana y estaba ligada a las antiguas organizaciones de artesanos, en Yucatán abarcó a toda la población rural. Fray Diego López de Cogolludo, en su Historia de Yucatán, refiere que en la primera mitad del siglo XVII ya existían cofradías en la mayoría de las cabeceras y pertenecían “cada una de ellas a españoles, indios, negros y mulatos”, aunque la administración de las tres últimas estaba en manos de los curas españoles. Las primeras cofradías instituidas se sostuvieron con las cuotas de sus miembros integrantes y para fines del siglo XVI, además de las cuotas, se empezaron a adquirir fondos de las misas oficiadas para el santo patrono. Sin embargo, durante la Colonia, la actividad económica dentro de las cofradías adquirió auge, lo que permitió que surgieran las estancias corporativas o de cofradía. En la Península se constituyó un importante número de cofradías de indios, con funcionarios únicos que servían también en el Cabildo. Esta organización permitió salvaguardar los intereses indígenas de la codicia tanto de las autoridades civiles como religiosas, aunque estas últimas participaron de los beneficios de las cofradías, en gran proporción. En un principio, la mayor parte de los ingresos de la comunidad indígena provinieron del producto del trabajo de las milpas de cofradía, de «derramas» de cacao, frijol o monedas españolas e incluso de «repartimientos». Paulatinamente, imitando a los españoles, se construyeron, con la donación de un predio con cenote, pequeños ranchos ganaderos con trabajo de tequio, luneros o empleados pagados, que criaban ganado vacuno, caballar y mular, que aportaban grandes beneficios a las cofradías. Para mediados del siglo XVIII hay constancia de la existencia de 137 haciendas pertenecientes a 108 de los 203 pueblos que había en Yucatán.

En el oriente de la Península, las tierras de cofradía se dedicaron principalmente a la apicultura, por falta de un mercado local de ganado, mientras que en el Sur las estancias de cofradía surtieron de carne de res a la guarnición de Bacalar y de Petén-Itzá, así como de mulas y caballos. Las más prósperas se localizaron en el sur de Campeche, donde se colectaba cacao en los pueblos del Usumacinta y de Tabasco, que se vendía en el puerto de Campeche. En casos de epidemias o hambruna por sequía, tormentas o langostas, los fiscales de las cofradías recorrían las casas de los pueblos y aportaban alguna ayuda a los enfermos y sobre todo la asistencia para «morir bien»; se encargaban de cavar las tumbas y sepultar a los muertos. Las reservas existentes en las cofradías podían en parte mitigar el hambre y lo mismo ocurrió con el ganado, que podía ser vendido o consumido por la comunidad. A finales del siglo XVIII, con las reformas borbónicas, el sistema administrativo y económico en Yucatán se modificó radicalmente. Entre sus efectos estuvo que los indios perdieran el control de sus ingresos comunitarios. Las cajas de comunidades, que les habían sido restituidas a finales del siglo XVII, fueron de nuevo tomadas por el Tesoro Real en 1777, años antes de la instauración de las Intendencias. Desde el punto de vista indígena, la agresión más grave fue que no podían pagar los gastos de la fiesta de los santos con los recursos de las cajas de comunidades y las cofradías enfrentaban también el asedio de las autoridades religiosas.

En 1870, el obispo decidió encargarse de los bienes de las cofradías que hasta entonces habían administrado los propios indígenas. Como consecuencia, 78 de las 117 estancias de cofradía fueron vendidas por el clero hasta 1781, año en que las autoridades civiles detuvieron el proceso. La venta de las fincas prosiguió a pesar de las disputas y enemistades entre los bandos civiles y religiosos. El dinero fue invertido en censos que debían producir un cinco por ciento anual, pero sólo una mínima parte de estos réditos fue cobrada. El Tesoro Real expropió las estancias restantes para invertir el dinero en bonos gubernamentales, perdiéndose todo, junto con las cajas de comunidades, al consumarse la Independencia en 1821. El Primer Congreso Constituyente, por decreto del 19 de diciembre de 1823, ordenó al gobierno dictar las providencias convenientes para restituir y asegurar los capitales de cofradías, invirtiéndose en beneficio y utilidad de los pueblos a que pertenecían. También dispuso en orden del 2 de junio de 1824 que el sobrante de dichas cofradías, después de cubiertas todas sus cargas de justicia, se aplicara a los fondos de la Universidad Literaria del Estado para fomentar la instrucción pública, disposición que quedó sin cumplimiento. La Legislatura de Yucatán confiscó las últimas estancias de cofradías en 1832 y 1843; las tierras de comunidades situadas a más de un legua de la plaza de cada pueblo fueron a su vez puestas en venta.