Aduana  A fin de ejercer un riguroso control sobre la entrada y salida de productos por la vía marítima, el gobernador Diego de Santillán nombró en 1572 celador y guarda de Sisal a Bartolomé García, cuyo encargo era el de comprobar la descarga y el despacho de mercancías, visitar los navíos que entraban al puerto y recibir documentos y registros para remitirlos a los oficiales de la Tesorería Real; ésta hacía la confrontación con las mercaderías que desde Sisal se traían a Mérida, en donde los pilotos, maestres y capitanes pagaban los derechos y tramitaban sus papeles. En el mismo año, concluida la calzada de Sisal, se obligó a utilizar como transporte carretas y caballos en vez de las espaldas de los indios. Aumentó el movimiento e hizo necesaria la construcción de una oficina aduanal, dado que ni en Mérida ni en Campeche se contaba con un edificio apropiado para ello y menos como almacén.

Los oficiales de la Tesorería expusieron al rey los problemas que entrañaba el cobro de los derechos de importación ya que, aunque inspeccionaban la carreta, no podían ordenar descargarla hasta que no llegaran los registros y, por carecerse de bodegas, los dueños se llevaban las mercancías a sus casas antes de hacer la revisión. Ante tal carencia, propusieron la compra de dos casas, en Sisal y en Campeche, para que sirvieran, ambas, como despacho y como depósito. El movimiento comercial en Sisal era tan intenso que, en 1571, las contribuciones por importaciones y exportaciones ascendieron a 5,000 pesos, sin contar los ingresos por los mismos conceptos que hubo en Campeche, Río Lagartos y Salamanca o Bacalar (incluso hubo un sobrante que fue remitido a España). En tanto Sisal y Campeche recibían mercancías de Veracruz, La Habana, Santo Domingo y Sevilla, Río Lagartos lo hacía de Honduras y Cuba, de donde llegaban vinos y otros efectos; los barcos retornaban a sus lugares de origen cargados de sal; a Bacalar arribaban naves de poco calado con cacao, procedentes de Honduras.

Más de dos siglos después, durante el gobierno de Benito Pérez Valdelomar, se llevó al cabo la habilitación del puerto de Sisal, como resultado de gestiones hechas por los comerciantes de Mérida, ya que el puerto de Campeche, único habilitado entonces en la Península, les resultaba más oneroso e incómodo debido a la mayor distancia; se obtuvo su primera habilitación por Real Orden, en 1807, durante la guerra española con Gran Bretaña; la segunda, en 1810, durante la guerra con Francia, y el 3 de marzo de 1811 se dio mayor amplitud a dicha disposición, declarándose a Sisal como puerto menor (sujetas sus mercancías de entrada, por lo tanto, sólo a derechos municipales). Una vez que, con objeto de estimular la economía de la Península y evitar el contrabando, Manuel Artazo y Torredemer decidió abrir los puertos al comercio libre con el exterior; el 6 de abril de 1814 mandó que se imprimiera y observara el Reglamento del Primer Arancel de Aduanas, redactado por el intendente electo Juan José de la Hoz. Entre 1814 y 1846, tanto en la Caja de Mérida como en la de Campeche, se disponía de un contador, un tesorero, cinco oficiales y un oficial mayor, para atender todos los despachos de aduana marítima y terrestre; desde Mérida se dirigían los movimientos de carga del surgidero de Sisal, cuyo resguardo tenía solamente cuatro empleados y un guarda mayor, un teniente y 14 marineros que, en una falúa, rondaban de noche la bahía y ocupaban durante el día los puestos de la muralla. Los ramos de la aduana de Campeche eran los correspondientes a almojarifazgos, alcabalas, almirantazgo, comisos, medias anatas, subvención de guerra y otras gabelas; en Mérida, a los precedentes se agregaban los de procedencia eclesiástica, como los novenos en el ramo de los diezmos, anualidades y medias anatas (en canónigos) y mesadas (en curatos), etcétera. La aduana de Campeche recibía una entrada anual de 80 a 90 mil pesos y la de Mérida, de 70 a 80 mil pesos. La inquietud de unir, por la vía más corta, la capital del estado con la costa determinó que en 1840 Juan Miguel de Castro inspeccionara los alrededores para localizar el sitio donde se establecería el puerto de mayor importancia. Ubicó el lugar preciso, a una distancia de 8.5 leguas de Mérida, entre Chuburná y Chicxulub; sin embargo, no fue sino hasta 1870 cuando obtuvo el reconocimiento de sus gestiones y consiguió sus objetivos: la construcción, por parte de la Secretaría del Estado de Yucatán, del edificio de la aduana marítima en la naciente población, ya que por decreto del presidente Juárez, la administración aduanal se trasladó de Sisal al nuevo puerto de Progreso, el cual alcanzó su mayor importancia durante el auge henequenero. El edificio de la antigua aduana de Sisal fue vendido a una casa de comercio alemana con domicilio en Mérida, que la usó como almacén de palo de tinte, chicle, maderas, sal y otros productos de la costa de Occidente.

Por su parte, el edificio de la aduana de Progreso fue demolido en 1892 y se hizo una construcción más sólida; en 1902 se le anexó una bodega, así como mayor espacio para oficinas y el aljibe mayor del puerto. La aduana funcionó por bastante tiempo en esa construcción de arquitectura similar a la del Palacio de Gobierno de Mérida (su arquería y sus pilares de base rectangular, de estilo colonial, predominando en la parte superior la influencia francesa) hasta que se trasladó al edificio ubicado al extremo del muelle fiscal, donde permaneció por 20 años. En la actualidad se localiza en la entrada del atracadero del propio muelle, en la calle 32 x 25, con instalaciones suficientes para el desempeño de los servicios que presta y donde se encuentran la Administración y los locales de Vistas y Policía Fiscal. La aduana de Progreso, por su estructura, está considerada entre las aduanas de tipo B. Sus funciones son: regular la entrada al territorio nacional, y la salida del mismo, de mercancías y de los medios en que se transportan, así como el despacho aduanero y los hechos o actos que deriven de éste. Operan en la jurisdicción de la aduana siete agencias: Julio R. Escalante Tur, Óscar Lizama Frías, Bernardo M. Mier y Terán Gutiérrez, Bernardo P. Mier y Terán Lejeune, Ramona Guadalupe Carrillo Peniche, María del Socorro Patrón Castellanos y Jorge Carlos Cervera Palma. En los últimos 50 años han sido sus administradores: Francisco D. González (1943-1944), Fernando Solís Anduce (1944-1946), Jesús Arizmendi Marquina (1946-1947), Jesús Contreras Iglesias (1947-1950), Rafael Dávila Davis (1950-1952), Vicente R. Zamudio (1952-1954), Tomás Cuervo Ramírez (1954-1956), Manuel González Díaz Lombardo (1956-1958), Joaquín R. de la Gala y de Regil (1958-1972), Julio Jiménez de la Fuente (1972-1974), Rafael Nava G. (1975-1976), Raúl Bobadilla Peña (1976-1978), Fernando Dupinet L. (1978-1980), Michel Gómez Carrillo (1980-1981), Pedro D. Luna Estrada (1981-1982), Luis H. Alcocer A. (1982-1984), Luis Silveira Cuevas (1984-1986), Alejandro Góngora Vera (1986-1987), Omar Pacho Sánchez (1987-1989), Luis F. Peraza Lizarraga (1989), Ignacio A. Cejudo Díaz (1989-1992) y a partir de 1992, Herbé Rodríguez Abraham. Principalmente se importan sorgo, maíz, trigo, línea blanca, electrodomésticos, maquinaria, etcétera. Y se exportan pescado, cemento, varilla, artesanía, cal, piedras, miel, manufactura de henequén, etcétera. Por otro lado, existen en el estado 33 maquiladoras trabajando, a las que se les prestan todos los servicios aduanales necesarios a través de la Sección de Maquila. En el Aeropuerto Internacional de la ciudad de Mérida hay una sección de despacho aduanal; asimismo, hay garitas de vigilancia en la entrada del muelle fiscal de Progreso y varias más en otras ubicaciones del estado.