Áreas Naturales Protegidas (ANP)  Esta denominación se aplica a los parques nacionales, refugios de flora y fauna, reservas de la biósfera y, en general, a cualquier sector, acuático o terrestre, en que el medio ambiente ha sido poco modificado por el hombre y donde se han establecido condiciones especiales para su protección.

Situación regional. En la Península existen varias ANP, de diferente carácter y extensión. En Quintana Roo, el refugio de fauna silvestre de Contoy, destinado a proteger la rica avifauna de esa pequeña isla; el refugio de fauna y flora marinas de Cancún-Isla Mujeres; la reserva biológica de los arrecifes de Cozumel; el Parque Nacional de Tulum, en torno a la zona arqueológica del mismo nombre; y la gran reserva de la biósfera de Sian Ka’an. Esta última, situada en la parte media de la región oriental del estado, es la única de grandes dimensiones. Tiene una superficie de 528,000 ha, acuáticas y terrestres, y abarca la bahía de La Ascensión y El Espíritu Santo, un gran trecho de la cadena de arrecifes coralinos paralela a la costa y amplias zonas de manglares, sabanas, petenes, selvas, pantanos, marismas y lagunas. En Campeche, el ANP más importante es la reserva de la biosfera de Calakmul, en los municipios de Champotón y Hopelchén. Cubre 723,185 ha de selva alta, mediana y baja subperennifolia, así como zonas de aguadas y bajos o akalchés con una peculiar vegetación acuática. Contiene también una variada y abundante fauna. Fue establecida por Decreto Presidencial el 23 de mayo de 1989.

En Yucatán, las ANP existentes hasta 1988 eran el pequeño Parque Natural de Dzibilchaltún, en dicha zona arqueológica, y los refugios costeros de flora y fauna en Celestún y Río Lagartos; el primero de éstos en los límites con Campeche y el segundo, al oriente del estado, es una importante zona de anidación de la mayor colonia de flamencos Phoenicopterus ruber del área del Caribe.

Todas las ANP señaladas fueron establecidas por el gobierno federal, pero a partir de 1988 el gobierno del estado, encabezado por Víctor Manzanilla Schaffer, promovió la creación del Sistema de Áreas Naturales Protegidas de Yucatán (SANPY), primero en México de carácter estatal. Con base en estudios sobre los diferentes ecosistemas, se decidió que el SANPY debería quedar integrado por cuatro grandes reservas y varias zonas pequeñas de especial importancia ecológica. En ellas existen muestras en buenas o aceptables condiciones de conservación de los principales ecosistemas de la entidad y de la Península: selvas de diferentes tipos, dunas costeras, esteros, marismas, plataforma marina, pantanos, lagunas interiores, manglares, petenes, cenotes y arrecifes, además de ecosistemas creados o modificados por el hombre, como son los pastizales inducidos y los acahuales o zonas de vegetación secundaria, que crece después de los desmontes.

Entre los objetivos fundamentales del SANPY caben mencionar los siguientes: contribuir a conservar a perpetuidad los ecosistemas naturales de Yucatán a través de un conjunto de áreas representativas de los mismos; preservar la diversidad genética de las especies de plantas y animales de Yucatán, en particular las endémicas o exclusivas de la región, las que están en peligro de extinción y las útiles; mantener los procesos ecológicos básicos, que aseguran el ciclo hidrológico regional, la conservación de suelos, la regulación del clima y la productividad agropecuaria y pesquera; promover la investigación científica, particularmente sobre ecología, socioeconomía y manejo de recursos naturales; ofrecer opciones de ecodesarrollo basadas en el aprovechamiento integral y sostenido de los recursos, con participación de los habitantes de las propias ANP y sus inmediaciones. Las cuatro grandes reservas son: Dzilam, en la zona costera, entre el puerto de este nombre y el de San Felipe. Su extensión es de 61,706 ha de las cuales la tercera parte corresponde a la plataforma marina. Comprende las llamadas Bocas de Dzilam, una zona de esteros bordeados de manglares, muy rica en fauna. Se constituyó por Decreto del 26 de enero de 1989. El Palmar: igualmente en la zona costera, al oriente del refugio faunístico de Celestún. Mide 50,177 ha, de las cuales más de la mitad son de ciénega, un tercio de plataforma marina y 15% de selvas y otros tipos de vegetación. Esta zona fue elegida por sus condiciones de conservación excepcionalmente buenas, comprende al igual que la de Dzilam, selvas, manglares, cenotes, pantanos, dunas costeras y numerosos petenes de gran tamaño. Es asimismo muy rica en animales silvestres, inclusive especies endémicas de la Península amenazadas de extinción. Se estableció por decreto del 29 de enero de 1990. Región Put: se ubica en las inmediaciones del vértice geodésico Punto Put, en el cual convergen los límites de Yucatán, Campeche y Quintana Roo. En ella se encuentra la única selva de mediana altura y considerable superficie, 8,000 ha, que queda en Yucatán y que se extiende hasta las dos entidades vecinas. Alberga asimismo una abundante y variada fauna y en el subsuelo hay grandes mantos de agua. Arrecife Los Alacranes: está situado en el Golfo de México, 70 millas náuticas (130 km) al norte del puerto de Progreso. Abarca 44,000 ha y representa el principal ecosistema coralino del estado y uno de los mayores de México. Está constituido por seis islotes arenosos y bancos de coral que rodean a una gran laguna central de unos 130 km2 y hasta 25 m de profundidad, y otra mucho más pequeña en su porción suroeste. La gran riqueza en vida marina de este arrecife lo prueba el hecho de que se han identificado en él cerca de 400 especies de algas marinas.