Archivos eclesiásticos  Colecciones ordenadas de todos aquellos documentos que en el desarrollo de la vida diocesana y parroquial o de una congregación religiosa, se han venido acumulando, y se conservan, en primer lugar, para los fines inmediatos de su consulta administrativa, y después para poder formar la historia de su vida en medio de la sociedad. Los archivos pueden dividirse en archivos vivos y archivos muertos. Los primeros son aquellos que proceden o procedieron de una entidad jurídica que todavía actúa; por ejemplo la Secretaría Arzobispal o la Notaría Parroquial. Los segundos son aquellos que procedieron de una entidad jurídica que dejó de existir; por ejemplo el Archivo de las Religiosas Concepcionistas o de algunas Cofradías, etcétera. Los archivos vivos se subdividen en archivos corrientes o actuales y en archivos de depósito o históricos, según su antigüedad y nivel de consulta.

Archivos parroquiales. En Yucatán, todas las parroquias tienen su archivo propio, aunque pocos conservan documentos muy antiguos por razón del clima, humedad, plagas y, sobre todo, por las destrucciones provocadas por las guerras y persecuciones. Parte de sus libros están depositados en el Archivo General de la Arquidiócesis.

Archivos de congregaciones religiosas. En general sólo tienen archivos vivos corrientes, pues los archivos coloniales se perdieron o fueron robados. Sólo se conservan en el Archivo Histórico de la Arquidiócesis de Yucatán, algunos documentos del siglo pasado sobre las religiosas concepcionistas.

Archivo General de la Arquidiócesis. Fernando Ruiz Solórzano, II arzobispo de Yucatán, ordenó su creación, empezando a funcionar el 6 de junio de 1961. Se encuentra ubicado en el costado norte de la Catedral de Mérida, inmediatamente contiguo a la capilla del Divino Maestro, con entrada sobre la calle 61. Funciona de las 8:30 a las 12:30 horas y su director es el padre Juan Castro Lara. Contiene los libros de bautizos, matrimonios, defunciones, confirmaciones e informaciones matrimoniales de todas las parroquias del estado de Yucatán, con cerca de 6,000 volúmenes, que abarca de 1543 a 1900, aunque en lo referente a las parroquias de Mérida tiene volúmenes más recientes. Especial importancia tienen los libros correspondientes a la parroquia del Sagrario Metropolitano, donde se encuentran los registros de los principales personajes de la Colonia. El libro de bautizos del Sagrario Metropolitano fue iniciado en 1543, correspondiendo su primer asiento a Catalina de Montejo y Herrera hija del fundador de Mérida, Francisco de Montejo y León. El libro de matrimonios comienza en 1567, el de defunciones en 1639, el de informaciones matrimoniales en 1755 y el de confirmaciones en 1830. Desde el siglo XVI están los libros del Sagrario Metropolitano, y los de Hocabá, Homún, Maxcanú, Umán, Peto, Mocochá y Dzidzantún, desde el siglo XVII; los de Progreso y Valladolid desde el siglo XIX. En la Biblioteca Central de la Universidad Autónoma de Yucatán se encuentra microfilmado bastante material de este archivo. La Academia Yucateca de Historia y Genealogía se ocupa de la elaboración de los índices de los libros correspondientes al Sagrario Metropolitano, llevando publicados los siguientes: «Índice-Resumen. Alfabético y cronológico del Archivo General de la Arquidiócesis de Yucatán. Sagrario Metropolitano. Bautizos.» Mérida, 1965. Abarca los años de 1543 a 1667. «Índice-Resumen. Alfabético y cronológico de los matrimonios del Sagrario de Mérida, Yucatán». Ocho volúmenes publicados en Mérida, entre 1971 y 1979, que abarcan los años de 1797 a 1900.

Archivo Histórico de la Arquidiócesis (Antes, Archivo de la Secretaría). Situado en la calle 58 núm. 501, es su actual director el presbítero José F. Camargo Sosa. Sus fondos datan del siglo XVIII a la fecha, aunque sólo están abiertos a la investigación hasta 1900. Su acervo está contenido en poco más de 600 cajas, siendo sus principales secciones los de correspondencia episcopal, concurso a curatos, becas y órdenes, capellanías, dispensas de edad y proclamas, visitas pastorales, facultades de vinación, oficios y decretos, asuntos terminados, informaciones de cristiandad, dispensas de parentesco, matrimonios ultramarinos, libros de órdenes, beneficencia sacerdotal, actas de profesión de fe y juramentos, cofradías, exámenes de colegiales, asuntos de religiosas, legitimaciones, órdenes sagradas, circulares, cuentas de fábrica, bulas papales, aranceles, matrimonios, confirmaciones, documentos de sacerdotes fallecidos, información de fallecimientos, defunciones por cólera morbus, real cedulario e inventarios parroquiales.

Archivo Crescencio Carrillo y Ancona. Contiene los papeles manuscritos del que fuera obispo e historiador. Está depositado en el Seminario Conciliar situado en la calle 18 núm. 78 de la colonia Itzimná y conservado en 85 grandes bolsas y no da servicio al público.