Chan Santa Cruz Antiguo santuario de los mayas rebeldes que el 30 de julio de 1847 se levantaron en armas. A partir de 1849, ya muertos los principales caudillos de la Guerra de Castas, Jacinto Pat y Cecilio Chi, el movimiento de insurrección había caído en el desaliento y los indígenas buscaban refugio en las selvas de Quintana Roo. José María Barrera, antiguo soldado del ejército yucateco, que se unió a la lucha indígena a fines de 1847, tuvo la brillante idea de crear un culto, capaz de dar esperanza y nuevos bríos a la guerra del pueblo maya por su independencia. Todo surge a raíz de la marca en forma de cruz que Barrera grabó en el tronco de un caobo situado a orillas de un cenote, con el objetivo de identificar el sitio. Pronto aparecieron ofrendas y velas debajo del árbol; aprovechando la actitud religiosa que había surgido en ese lugar, creó un símbolo para unificar y devolver el espíritu de lucha a los mayas rebeldes, y dio inicio así el culto de la Cruz Parlante, ayudado por el ventrílocuo Manuel Nahuat. En poco tiempo, las familias dispersas en la selva se reunieron en las cercanías del cenote donde según Eligio Ancona se funda, un 2 de noviembre (1850), el pueblo de Chan Santa Cruz formado aproximadamente por 2,000 personas. Enteradas las tropas yucatecas de la existencia del santuario, decidieron tomar Chan Santa Cruz. En la acción muere Manuel Nahuat «la voz de la cruz». Para evitar el desaliento entre los Cruzoob, Barrera encontró otra forma de comunicarse a través de la palabra escrita. Su secretario Juan de la Cruz Puc se convirtió en el intérprete de los mensajes emanados de la cruz. Recobrada la fe, Chan Santa Cruz vuelve a ser poblada. Desde su fundación, se convirtió en el centro militar desde donde salían las expediciones y se marcaba la estrategia de lucha, según lo indicaban las cruces. Fue atacada nuevamente por el general Rómulo Díaz de la Vega (1852), que cortó el caobo donde estaba tallada la primera cruz.
En 1854 el coronel Pablo González informó que el lugar estaba totalmente transformado: en la plaza se había construido una iglesia de 30 varas de largo y 12 varas de ancho, formada de buena madera y techada con guanos bien escogidos con verjas en los costados. El lugar ya tenía fisonomía de pueblo, y se podía observar la construcción primitiva de la Balam Nah. En 1860 es atacada por la expedición de Pedro de Acereto con una fuerza de 2 000 hombres. Éste describe el lugar como «…una población en forma, que tenía cierta semejanza con las de segundo o tercer orden de la Península. Describe las calles como anchas y bien alineadas, el templo y dos amplios edificios de piedra adornados por dentro y por fuera, con vistosos portales y los pozos públicos que proveían a la población de agua fresca y abundante». Fue la época de mayor esplendor de Chan Santa Cruz, los Cruzoob eran fuertes, se habían adueñado de Bacalar y aún se internaban en territorio inglés. Esto ocasionó reclamos contra Venancio Pec, por lo que el gobierno inglés envió a dos comisionados, el teniente Twigg y subteniente Plumridge que se internaron hasta Chan Santa Cruz en 1861. E. Rogers relata este episodio diciendo que «la iglesia o templo a donde los llevaron… fue construida para recibir la cruz y constaba de un edificio central con techo de bóveda y alas bajas, de techo plano sostenido por una serie de arcos y columnas de piedra. Las paredes macizas no tenían señales de que se hubiesen intentado ornamentarlas, y los arcos de las alas estaban cerrados solamente con esteras colgantes que descorrieron un tanto para dar paso a los comisionados… A la Balam Nah trajeron años antes cuatro de las campanas pertenecientes a la iglesia de Bacalar».
En 1865 John Carmichael, comisionado inglés, visita Chan Santa Cruz para tratar con Bonifacio Novelo, el «Nohoch Tata», asuntos relacionados con nuevos ataques a poblaciones beliceñas. José Crescencio Poot lo condujo a la ciudad donde las calles estaban adornadas con arcos, el ambiente era de fiesta y los centinelas presentaban armas en cada esquina; en la plaza estaban reunidos un millar de hombres de guerra. Con el tiempo Chan Santa Cruz fue perdiendo fuerza, el imperio de la cruz se dividió por rencillas entre los jefes. Surgieron otros santuarios como Tulum y hubo intentos por establecer convenios de paz. Para 1886, según William Millerm, Chan Santa Cruz no estaba habitada y permanecían en ella 150 guardias armados, además de las autoridades. Las sequías, granizo, huracanes y epidemias de viruela, cólera y tos ferina, hicieron que la población disminuyera rápidamente. Según Nelson Reed, al iniciar la última década del siglo XIX sólo quedaban 10 000 habitantes en la región Cruzoob. La firma del tratado mariscal-Spencer Saint John y el mejoramiento de las relaciones del régimen de Díaz con el gobierno inglés, redujeron la posibilidad de obtener armamentos. El 3 de mayo de 1900, los Cruzoob festejan en el santuario de Chan Santa Cruz la gran fiesta de las cruces. Durante varios días se realizaron en su honor ofrendas, danzas, misas y corridas de toros; el último día, sacaron del templo la copia de la Cruz Parlante y detrás de ella, la procesión formada por el Tatich Felipe May, sus jefes y oficiales, los escribas, los maestros cantores, las esposas de los sacerdotes, y los soldados, unos 3 000 en total. De la plaza se dirigieron a cada una de las capillas donde estaban las cruces limítrofes y de allí fueron al templo de la Cruz Parlante para arrodillarse y orar.
El 4 de mayo de 1901 el ejército federal, al mando de Ignacio A. Bravo, entró al santuario, encontrándolo desierto. El Congreso del estado de Yucatán le concedió a este general la ciudadanía honoraria y el pueblo recibió el nombre de Santa Cruz de Bravo. El 4 de noviembre de aquel año, Porfirio Díaz envió al Congreso de la Unión la propuesta de creación del territorio de Quintana Roo, que fue aprobada el 24 de noviembre de 1902. Santa Cruz de Bravo permaneció como campamento militar hasta 1904 que pasó a ser capital del nuevo territorio. Pronto se establecieron servicios telegráficos y de correo; a los antiguos edificios Cruzoob se les construyó una segunda planta de madera; la iglesia Balam Nah fue utilizada como cárcel, tapiándole la entrada; se construyó una fuente de piedra, una plazoleta, jardines y poco a poco fue llegando la población civil, entre ella, varios comerciantes. Durante el porfiriato, Santa Cruz de Bravo llegó a tener 4,000 habitantes. Al triunfo de la Revolución llegó a Santa Cruz Manuel Sánchez Rivera, que trató de negociar con Cruzoob Máximo Cahuich un acuerdo de paz, sin resultados positivos. Se construyó el mercado municipal.
Después de la muerte de Madero, es nombrado gobernador y comandante militar del territorio el general Víctor M. Morón de filiación huertista, que consideró esta zona como cárcel política. Al triunfo de Carranza, es nombrado Arturo Garcilazo como comandante de las fuerzas militares; en esta época vinieron muchos obreros procedentes de la Ciudad de México y del estado de Yucatán para abrir en Santa Cruz de Bravo varios talleres, tales como los de carpintería, mecánica, sastrería militar y otros, con el propósito de hacer autosuficiente a la región. Por su participación en la revuelta argumedista, Garcilazo fue mandado fusilar por órdenes del general Salvador Alvarado, quien entregó la zona central del territorio de Quintana Roo a sus antiguos habitantes, comandados por Guadalupe Tun y Sil May. El santuario no volvió a dar albergue a la cruz, el pueblo fue abandonado retornando los indígenas a sus aldeas. La viruela acabó con sus antiguos líderes. Entonces surge el general Francisco May como «Nohoch Tata». Organiza la explotación chiclera, con lo que cambia la economía del maya y sus patrones de consumo; vuelve a poblarse el santuario y se establecen contactos con comerciantes. Entre los años de 1925 y 1926 el general May construye su capilla particular y el galerón que servía de aposento a la guardia como cuartel general. La autonomía, disfrutada desde 1915, se pierde a raíz de un incidente ocurrido con un trabajador procedente de Belice a quien May ordenó se le aplicara un castigo de 25 azotes. Éste se quejó y José Siurob, gobernador del territorio, envía un destacamento militar a la otrora capital de la entidad ocasionando protestas del general May. El incidente marcó el inicio de la incorporación de la zona maya al sistema de gobierno constitucional, ratificado en un convenio suscrito entre Francisco May y José Siurob el 2 de junio de 1929, en Santa Cruz de Bravo. A principios de 1926, May empezó a gestionar con el gobierno del estado de Yucatán la instauración de escuelas y la construcción de caminos que permitieran mejorar las condiciones de vida de los mayas. El 22 de marzo de 1928 nombraron a los primeros profesores Ramón Santana y María Paredes de Santana, como director y ayudante, respectivamente de la Escuela Primaria Elemental de Santa Cruz de Bravo, Quintana Roo. En un principio hubo rechazo contra los maestros, pero poco a poco éstos fueron arraigando, al punto de que cuando el profesor Santana fue trasladado a otra escuela, los mayas se comprometieron a pagar su sueldo, de acuerdo a las normas de trabajo de la Secretaría de Educación.
En 1931, Pascual Ortiz Rubio hizo desaparecer el territorio federal de Quintana Roo anexándolo en parte a Yucatán y en parte a Campeche, convirtiéndose la zona comprendida desde el vértice de unión de las tres entidades hasta Bahía de la Ascensión, en el Suroriente y Holbox en el Norte, en municipio libre de Santa Cruz de Bravo, cuya cabecera fue el poblado del mismo nombre. Y el 25 de julio de 1934, a propuesta del diputado Felipe Valencia López, se acuerda el cambio de nombre para el municipio y el poblado, denominándosele Felipe Carrillo Puerto, mismo que conserva hasta la fecha. El 16 de enero de 1935, Quintana Roo vuelve a constituirse como territorio federal y la capital pasó a Payo Obispo, población a la que después se le cambió el nombre por el de Chetumal. Durante el gobierno de Lázaro Cárdenas, se construyó en Felipe Carrillo Puerto una pista de aterrizaje; el cooperativismo hizo su aparición, surgiendo la cooperativa Vicente Guerrero para la explotación de chicle y se dotó a los campesinos de ejidos. Según datos de la Comisión Científica Mexicana, en 1937, la población de la cabecera de la delegación de Carrillo Puerto era de 387 habitantes, de los cuales el 75% era maya. A fines de 1939, Cárdenas visitó Carrillo Puerto, donde recorrió el internado indígena, la cooperativa para la producción de luz eléctrica y agua, y por la noche se realizó una asamblea en la que los habitantes pidieron el desvío de la carretera Chetumal-Bacalar-Peto, de tal manera que pasara por Carrillo Puerto. En honor a Cárdenas se realizó una velada cultural en el Teatro Carrillo Puerto, en lo que antes fuera el santuario maya, la Balam Nah.