Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav) Institución descentralizada de investigación científica y tecnológica. La delegación de Mérida se fundó en 1980. Sus objetivos son: la formación de recursos humanos a nivel de posgrado y la resolución de los problemas que inciden en el desarrollo de la región. Tiene la siguiente organización: Departamento de Recursos del Mar, con las Secciones de Acuacultura, de Pesquería Tropical y de Ecología Marina; Departamento de Física Aplicada, con secciones de Nuevos Materiales y de Corrosión. Tiene también una sección de Ecología Humana.

En el Cinvestav de Mérida laboran un total de 133 empleados. Cuenta con ocho edificios que contienen 16 laboratorios, aulas, auditorio, centro de cómputo, biblioteca con 3 500 volúmenes y talleres diversos.