Merino y Ceballos, José Gobernador y capitán general de Yucatán (1783-1789). El 26 de junio de 1783, nombrado interinamente por el virrey, tomó posesión del gobierno y Capitanía General. Antes de trasladarse a Yucatán, fue gobernador de Puebla y del Castillo de Perote. Por su avanzada edad, confió su gestión a sus secretarios Juan de Aguilar, Antonio de Mendíbil y Juan Antonio Lope, quienes fueron acusados de venales, por dar sólo curso a los expedientes que les interesaban. Su antecesor, Roberto Rivas Betancourt, había emprendido una campaña contra Belice, ya que la Corte había ordenado la expulsión de los ingleses de Cayo Cocina. Para cumplir las órdenes, se había equipado en Campeche una flotilla de canoas y pequeñas embarcaciones que transportaron 800 hombres de desembarco a Bacalar en 1779. Esta fuerza desalojó a los ingleses de la ribera del río Hondo y a los colonos a lo largo del río Nuevo. Finalmente, Gran Bretaña firmó el tratado de paz de Versalles el 1 de febrero de 1783, donde reconoció la soberanía de España sobre Belice, pero preservó la facultad de cortar maderas y explotar el palo de tinte en el territorio comprendido entre los ríos Hondo y Walix. En este contexto, Merino y Ceballos asumió el mando en Yucatán y se percató del disgusto y resentimiento que había causado en la Colonia la ratificación a los ingleses de su derecho poseedor sobre el territorio de Belice. Expuso a la Corte aquel resentimiento y alertó sobre la posibilidad de que en una sublevación de indios como la de 1761, los beliceños proporcionarían armas y pólvora a los rebeldes. También señaló que el lugar sería un centro de contrabando de armas, municiones y pólvora y de refugio para los perseguidos por las tropas leales. La designación de Merino y Ceballos al gobierno de Yucatán destruyó las esperanzas de los partidarios de Rivas Betancuourt, para que éste consiguiera su nombramiento como gobernador propietario, por lo que se declararon en abierta oposición. En respuesta, el nuevo gobernador dejó sentir su autoridad desprestigiando a sus enemigos ante la Corte y reprimiéndolos. Los opositores acusaron de tirano y despótico a Merino y Ceballos ante el rey, y enumeraron sus malas acciones. Debido a la confrontación de pareceres, la Corte decidió encomendar a Enrique Grimarest, ingeniero distinguido que había estado en Campeche y en Mérida en comisión secreta, para averiguar la verdad. Cumplió su misión con imparcialidad e informó que los partidarios de Rivas eran responsables del malestar interno que había agitado a la provincia, especialmente su líder José Antonio Martínez, pero advirtió que el gobernador había mostrado algo de pasión en los procedimientos contra Ignacio Rendón y Juan Esteban Meneses, entonces encarcelados. En consecuencia, el Consejo de Indias ordenó a la Audiencia de México que suspendiera la pena de cárcel contra Rendón y Meneses y aliviara la impuesta en contra de Enrique de los Reyes. Determinó que éste había sido injustamente despojado de su empleo de capitán a guerra del partido de la Sierra Baja.
En ese mismo período, Merino quebró su estrecha relación con el obispo de Yucatán, Piña y Mazo, a consecuencia de que el alcalde José Felipe de Pastrana pidió la intervención del gobernador para demandar que el obispo revocara la excomunión que pesaba en su contra, por haber citado al secretario de gobierno eclesiástico a comparecer ante el tribunal. Todas estas circunstancias llevaron a que la Corte removiera de su cargo a Merino y Ceballos, sucediéndole en el cargo el capitán de navío, Lucas de Gálvez, quien asumió los cargos de gobernador, capitán general e intendente de la real hacienda de las provincias de Yucatán y Tabasco el 4 de junio de 1789.