Puerta, Juan de la  Tercer obispo de Yucatán según el orden establecido en la obra de Crescencio Carrillo Ancona, El Obispado de Yucatán. Religioso franciscano que llegó a la Península a principios de 1545, como prelado comisario del segundo grupo de frailes de la Orden de San Francisco, procedente de la provincia del Santo Evangelio de México, enviado por fray Martín de Hojacastro, comisario general. El primer grupo cuyo comisario fue Luis de Villalpando, estuvo integrado por Lorenzo de Bienvenida, Melchor de Benavente y Juan de Herrera, y llegó a Yucatán desde Guatemala por el Golfo Dulce y Bacalar, enviado por fray Toribio de Motolinía. Pocos meses después, desde México, llegó a Campeche el segundo grupo integrado por Nicolás de Albalate, Ángel Maldonado, Miguel de Vera y Juan de la Puerta como comisario. Este último inició de inmediato su labor evangelizadora estableciendo en Campeche el primer convento y bautizando a Diego Na, el primer noble de raza maya que adoptó la religión cristiana.

Los frailes siguieron hasta Mérida, recorrieron los principales cacicazgos y fundaron el Convento Mayor de la Orden, al que se conoció como San Francisco el Grande o Convento Mayor. Juan de la Puerta fue electo guardián del convento de Mérida en el primer Capítulo Custodial. Durante su estancia en Yucatán, recorrió y exploró toda la parte pacificada de la Península, donde fundó iglesias. La necesidad de que vinieran más frailes para llevar al cabo la difícil labor evangelizadora en una extensa y poblada región, aunada a la exigencia de que la diócesis fuera provista de obispo, llevó a De la Puerta a celebrar una junta apostólica en el Convento Mayor, donde se resolvió elevar al rey un memorial por medio del Consejo de Indias, y acreditar a uno de los mismos religiosos para que, con el carácter de procurador, fuera a la Corte a tratar estos asuntos. El documento está fechado en Mérida el 1 de febrero de 1547 y firmado por Juan de la Puerta, comisario, Luis de Villalpando, Nicolás de Albalate, Lorenzo de Bienvenida, Juan de Herrera y Miguel de Vera. El elegido para llevar al cabo la gestión ante la Corte fue Nicolás de Albalate.

Se procedió a la erección del convento de Maní y, posteriormente, a la del de Izamal y de Conkal los cuales, junto con el de Campeche y el de Mérida, fueron los cinco primeros conventos primitivos de la fundación franciscana en el país. A fines de 1548, vino un refuerzo de seis religiosos enviados por Francisco de Bustamante, comisario general de los franciscanos en Nueva España, y en agosto de 1549 llegaron con Nicolás de Albalate seis frailes más —fray Diego de Landa entre ellos— y muchos objetos sacramentales. Con la presencia de los 12 nuevos franciscanos, De la Puerta celebró Capítulo Custodial el 29 de septiembre de 1549, contando con la presencia de Francisco de Bustamante. Ahí se declaró formalmente la creación de los cinco conventos existentes y fue designado guardián del Convento Mayor y capitular de Mérida, Juan de la Puerta; en Campeche, Diego de Béjar; en Maní, Nicolás de Albalate; en Conkal, Luis de Villalpando, y en Izamal, Lorenzo de Bienvenida. En el Capítulo de 1551, fray Juan de la Puerta fue electo guardián del convento de Conkal.

Para resolver la falta de un obispo para Yucatán, en 1552, De la Puerta tuvo que viajar a España y acudir ante el rey y el Real Consejo de Indias. Emprendió con eficiencia las gestiones y al poco tiempo el rey y su Consejo empezaron a dictar providencias y leyes importantes relativas a remediar la esclavitud, los abusos de los encomenderos, el envío de nuevos religiosos y de jueces visitadores.

El 17 de junio de 1555 el rey presentó ante el Papa a fray Juan de la Puerta para obispo de Yucatán, en sustitución de fray Juan de San Francisco, quien había renunciado a la designación de su majestad, recomendando para el cargo a De la Puerta.

Para el 26 de febrero de 1557, la Corona había expedido cuatro cédulas, en las que concedía a Juan de la Puerta y a 20 religiosos el pasaje y matalotaje hasta el puerto de Veracruz y de ahí el flete de un barco hasta Yucatán, transporte desde sus conventos hasta Sevilla, costo de estancia en Sanlúcar de Barrameda, donde esperarían la salida de la flota, y el vestuario, túnica y manto para cada uno de ellos.

La causa que demoró la expedición de las bulas con las que se ratificaría la elección de fray Juan de la Puerta como obispo de Yucatán, por parte del Pontífice, fueron las diferencias existentes entre Paulo IV y los Reyes de España, particularmente sobre las tasas que la Corona debía pagar a Roma por la erección o provisión de los obispados americanos. Aún sin las bulas de ratificación, la Corona comunicó al obispo electo se trasladara sin demora a la provincia de Yucatán, por cédula real de 12 de marzo de 1557. El viaje no se llevó al cabo porque la muerte lo sorprendió cuando esperaba la flota para embarcarse entre el 1 de marzo y el 5 de abril de 1558.