Paredes, Juan de  Alcalde mayor de Yucatán (1558-1560), nombrado por la Audiencia de los Confines. Durante su gestión recibió una cédula despachada por la Audiencia de Guatemala donde se le ordenaba que los indios no fueran agraviados haciéndoles transportar cargas excesivas, y que para el traslado de mercancías y tributos se emplearan arrias en número suficiente. La cédula llegó a Mérida en septiembre de ese año a través de fray Juan de la Paz. El bachiller Juan de Paredes dictó una resolución la cual ordenaba fueran traídos los bastimentos y tributos por los indios de cada encomienda, pagándoseles su trabajo y sin que su carga pudiera exceder de dos arrobas. La cédula de las audiencias había procedido a partir de las denuncias hechas por los frailes franciscanos en contra de los encomenderos e incluso fray Diego de Landa había presentado personalmente las quejas ante esa instancia. El fraile se opuso a las medidas dictadas por el alcalde mayor y, desde el púlpito de la primitiva iglesia que servía de Catedral, expresó que no bastaba con pagar a los indios el transporte, sino que precisamente los encomenderos y la Tesorería Real debían mandar buscar dichos frutos, sirviéndose para ello de bestias de carga o vehículos. El resultado de las quejas desembocó en la llegada a Yucatán del visitador Jofre de Loaiza, quien tomó el gobierno de la provincia a mediados de 1560 y abrió el juicio de residencia contra los tres últimos alcaldes mayores: Álvaro de Carvajal, Alonso Ortiz Delgueta y Juan de Paredes.

También durante la gestión de Paredes se continuó con la construcción del camino entre Sisal y Mérida, iniciado por Álvaro de Carvajal. Para ello, la Audiencia de Guatemala concedió en 1559 la cantidad de 500 pesos de oro de minas al año, para la conclusión de la calzada, a petición del procurador del Ayuntamiento de Mérida, Juan de Magaña. El 6 de enero de 1560, la Audiencia expidió otra cédula la cual ordenaba que en la construcción del camino se emplearan indios de las zonas cercanas, que fueran debidamente pagados, sin tomar en consideración que las condiciones de trabajo eran muy duras y que la ciénaga existente a la salida de Sisal debía ser atravesada a lomo de indio, cargado de efectos y bultos.

El malestar en la provincia contra el gobierno de los alcaldes mayores se dejó sentir desde 1558, como lo demuestra la carta fechada el 4 de abril en la cual los oficiales reales declararon al rey «que los alcaldes mayores habían vacilado en tomar medidas que pudieran crear oposición por miedo a ser destruidos». Un año más tarde, en 1559, los franciscanos pidieron al Consejo de Indias que el rey nombrara directamente a los alcaldes mayores y el traslado de la provincia a la Audiencia de México «porque en la Audiencia de los Confines nunca proveen sino a sus criados por alcaldes mayores, que es harta mal gobernada…».