República de Indios La baja de la población indígena debida a las epidemias y enfermedades y la tendencia de los naturales a huir hacia los montes, obligó a los españoles a buscar la manera de congregarlos, para facilitar su evangelización, levantar el tributo y vigilar su conducta.
Así se crearon los llamados Pueblos de Indios, los cuales se rigieron bajo un sistema republicano expresado en los ayuntamientos y cabildos. Estas instituciones estaban formadas por autoridades del lugar encabezadas por el cacique, el cual era considerado como el representante del rey y delegado del gobernador de la provincia en los asuntos políticos y civiles de los indios sujetos a él. Este personaje gozó de las prerrogativas de las autoridades reales para mandar dentro de su comunidad, organizar el trabajo productivo y recolectar el tributo para el encomendero español. Tuvo incluso una posición más privilegiada que la del resto de la comunidad, por ejemplo en su derecho a gobernar determinado pueblo y heredar dicho cargo a sus hijos. Estos caciques o batabes con frecuencia formaban parte de la nobleza prehispánica.
Para desempeñar sus funciones como cacique, contaba con el consejo o ayuntamiento el cual estaba formado por alcaldes regidores y alguaciles, los cuales eran escogidos entre los vecinos del pueblo quienes se hubieran distinguido por sus buenas cualidades. Cada república contaba también con su escribano y conservaba los archivos de la comunidad, que constaban de los títulos de tierras, libros de testamentos.
En el funcionamiento de la república, se tuvo cuidado de respetar las costumbres y tradiciones de los indígenas, dentro del marco del derecho indiano, siempre y cuando estas costumbres y tradiciones no se opusieran al proceso evangelizador ni tampoco a las autoridades reales.
Las repúblicas de indios se manejaron con cierta autonomía y ésta les permitió organizarse política y económicamente de manera eficiente durante la mayor parte de la época colonial. El trabajo de la tierra mediante prácticas ancestrales, dentro de dichas repúblicas, posibilitó sostener la economía colonial ya que proveía del tributo tanto a los encomenderos, a la Iglesia y al mismo cacique dentro de las comunidades indígenas.
Las repúblicas de indios fueron disueltas en 1820, pero debido a la dispersión de la población indígena después de la Independencia, fueron restablecidas por decreto del gobierno de Yucatán el 26 de julio de 1824.
La Constitución yucateca de 1841, restituyó a los indígenas los derechos ciudadanos ya garantizados en la Constitución de 1825. Sin embargo, a raíz del estallido de la Guerra de Castas, el Congreso del estado, por ley de 27 de agosto de 1847 considerando que «los indígenas no tienen la aptitud necesaria para que continúen en el goce de los derechos que consigna a los ciudadanos la Constitución de 1841… decreta: Art.1º los indígenas quedan desde ahora reducidos al pupilaje… y Art. 2º el gobierno restablecerá las repúblicas de indígenas, con las facultades y obligaciones que tenían cuando aquellos, antes de la Independencia, estaban sujetos al pupilaje». La Constitución de 1862 volvió a dar el carácter de ciudadanos a los indígenas.