Regio Patronato Indiano  El Patronato Indiano fue una prolongación del patronazgo reconocido a los reyes de España desde la época de la reconquista, con una mayor amplitud en cuanto a los derechos que se otorgaron los reyes a sí mismos, basados en la interpretación de las bulas y breves pontificios concedidos según la magnitud de la empresa americana. El Regio Patronato Indiano consistía sustancial y legítimamente, en cuatro privilegios pontificios, concedidos por Alejandro VI en 1493 y 1501, y Julio II en 1508, a los Reyes Católicos, en compensación por la obligación que éstos se impusieron de evangelizar a los indios y erigir las nuevas iglesias: la destinación de misioneros para los indios, la percepción de los diezmos, la provisión de todos los beneficios eclesiásticos en personas presentadas por el rey, y la exclusiva para la construcción de iglesias y monasterios. En la práctica se añadieron otros, como el de revisar las sentencias eclesiásticas y exigir el pase regio para todos los documentos pontificios. En el origen y desarrollo del Patronato Indiano fueron las circunstancias históricas las que contribuyeron en buena medida al desarrollo de un derecho que perteneciendo en su origen a la Iglesia, vino a quedar en manos del Estado. La reconquista inició a los españoles, tanto a los reyes como a los súbditos, en la costumbre de intervenir en los asuntos eclesiásticos que por gracia o tolerancia de los pontífices se les concedió y el descubrimiento de América los reafirmó en este derecho.

Fue Felipe II quien estableció jurídicamente el derecho del Regio Patronato Indiano, expresado en el Libro Primero, título sexto de la Recopilación de las Leyes de Indias. En este libro se establece que el patronazgo de todas las Indias pertenecía privativamente al rey y a su Corona y no podía salir de ella, ni en todo ni en partes. El Patronato controló toda la autoridad eclesiástica o espiritual. Con relación a los arzobispos y obispos, este derecho le confirió al rey no solamente el derecho de presentación de estas dignidades, sino también el derecho de sujeción, pudiendo la Corona intervenir por este medio en la administración diocesana de los obispos. Se comprende por lo tanto la fuerza y el control que ejercía el rey a través del Patronato, sobre la Iglesia americana. Sus leyes abarcaban todos los aspectos, dirigían, organizaban y administraban, legislaban y sancionaban, seleccionaban y elegían a su personal. La Iglesia por lo tanto, estaba estrictamente reglamentada por una autoridad civil, cuyos lazos estaban sujetos fuertemente a la Corona. Por esta legislación la separaban y alejaban de su dependencia directa de la Iglesia de Roma.

El derecho del Patronato fue imprescindible, privativo y exclusivo del rey. Ni el soberano lo podía perder, ni persona alguna lo podía adquirir por uso o costumbre.

En América, los derechos del Regio Patronato Indiano se hicieron efectivos en las personas en quienes el rey delegaba su autoridad. Unas veces le correspondía al Consejo de Indias, otras al virrey, presidente de la Audiencia, o al gobernador de la provincia correspondiente. Fue la autoridad civil la que tuvo las funciones de vicepatronazgo en las Indias. La autoridad religiosa estuvo representada a su vez por el obispo o por el provincial religioso, cuando faltaba el primero. En las relaciones de los representantes de estas dos instituciones, Estado e Iglesia, cobraron vida los derechos del patronazgo, y surgieron los problemas correspondientes a la supeditación de un poder al otro, de la Iglesia al Estado. El vicepatrón tenía como función vigilar que las autoridades eclesiásticas guardaran las leyes y los derechos del Patronato que correspondía al rey. En las relaciones de la Iglesia Indiana con Roma, era el Consejo de Indias el que hacía las funciones de vicepatrón. Debía hacer guardar, cumplir y ejecutar las bulas y breves apostólicos en los que no se perjudicase el derecho concedido al rey por la Santa Sede.

Las dificultades en el ejercicio de la compleja relación entre la Iglesia y el Estado en la época colonial fueron innumerables, pues las autoridades civiles con los derechos correspondientes al vicepatronazgo intervenían en la jurisdicción eclesiástica, por lo cual los obispos resentían que su autoridad era rebajada y en ciertos casos, su dignidad humillada.

Por otra parte, las autoridades civiles se quejaban de que las autoridades eclesiásticas se inmiscuían en terrenos de la jurisdicción civil, interponiéndose muchas veces al libre ejercicio de sus funciones gubernativas. A pesar de las restricciones impuestas por el Patronazgo Real, los obispos gozaban de una fuerza considerable sobre los fieles de su diócesis y contaban con el arma de la excomunión, que sin mucho miramiento descargaban sobre aquéllos que se interponían en el ejercicio de su autoridad.

En las Leyes de Indias es constante el punto de las dificultades jurisdiccionales entre las dos instituciones, y siempre tenía que mediar el rey para solucionar esta singular situación: la autoridad civil haciéndose de el poder que le confería el vicepatronato en los asuntos eclesiásticos, y la autoridad eclesiástica haciéndose de derechos que le correspondían por estar al servicio de ambas majestades.