División territorial  Al iniciar Francisco de Montejo, el Adelantado, la conquista de Yucatán en 1527, el extenso territorio quedó bajo la jurisdicción de la Real Audiencia de México. Tras constituirse en 1544 la Audiencia de los Confines, que primero residió en Gracias a Dios (Honduras) y luego en Santiago de Guatemala, se le incorporaron temporalmente Yucatán, Tabasco y Cozumel. Sin embargo, en 1548, debido a la lejanía de la sede, los Montejo encabezaron la solicitud para que Yucatán volviera a pertenecer a la Audiencia de México, lo que se autorizó ese año. Al trasladarse la sede de la Audiencia de los Confines a Santiago de Guatemala en 1549, Yucatán, Tabasco y Cozumel, por Cédula Real de 7 de julio de 1550, volvieron a la jurisdicción de esta Audiencia. Pero en 1560, en pleno choque entre las autoridades civiles, encomenderos y frailes franciscanos de la Península, Felipe II determinó incluirla de manera definitiva dentro de la Audiencia de México, junto con Tabasco y Cozumel, bajo la potestad del alcalde mayor de estas provincias. El nombramiento recayó en Diego Quijada, quien no pudo poner fin al conflicto, sino por el contrario, lo agudizó. Ante ello, el rey de España decidió hacer un cambio de administración y nombró un gobernador en 1564, Luis Céspedes de Oviedo, que respondería de sus actos ante el virrey.

La gobernación de Yucatán abarcaba un vasto territorio, mismo que se dividió en cinco provincias: Mérida, Campeche, Valladolid, Tabasco y Salamanca de Bacalar, siendo su sede la ciudad de Mérida. Al consumarse la Independencia, la provincia de Yucatán se extendía desde «la Ensenada de Zapatillas, colindante con el territorio de Omoa, de la provincia de Comayagua (Honduras) hasta la Laguna de Términos, comprendiendo la llamada isla de Tris (isla del Carmen)», aunque los ingleses ocupaban bajo concesión de España, a partir de la firma del Tratado de Madrid de 1763 y el de Versalles de 1783 modificado en 1786, el área que iba desde el río Sibún hasta el río Hondo. Para entonces, el extenso territorio —que en un tiempo incluyó el Petén Itzá conquistado por Martín de Ursúa en 1697 y más tarde canalizado a la jurisdicción de Guatemala— se dividía en 15 partidos: Bacalar, Camino Real Alto (Hecelchakán), Real Bajo (Hunucmá), Campeche, Champotón, del Carmen, Ichmul, Izamal, Lerma, Mérida, Sierra Alta (Tekax), Sierra Baja (Mama), Sotuta, Tizimín y Valladolid. Al imponerse el centralismo, Yucatán se transformó de estado en departamento, en virtud de la división del territorio nacional de 30 de diciembre de 1836. Al año siguiente se efectuó la división del mismo, constituyéndose cinco distritos con 20 partidos. Distrito de Mérida: Mérida, Hunucmá, Maxcanú y Ticul. Distrito de Campeche: Campeche, Hecelchakán, Hopelchén, Seibaplaya y del Carmen. Distrito de Valladolid: Valladolid, Espita y Tizimín. Distrito de Izamal: Izamal, Sotuta, Motul y Temax. Distrito de Tekax: Tekax, Peto, Tihosuco y Bacalar. El 29 de mayo de 1839 estalló en Tizimín la revolución que proclamó el restablecimiento del sistema federal en Yucatán, movimiento que fue declarado faccioso por el gobierno nacional centralista.

El Séptimo Congreso Constitucional del Estado emitió el decreto de 4 de marzo de 1840 por medio del cual Yucatán se separaba de la nación mexicana y el 30 de noviembre de ese año se efectuó una nueva división territorial, resultando cinco departamentos divididos en 18 partidos. Departamento de Mérida: partidos de Mérida, Ticul, Maxcanú y Tecoh. Departamento de Izamal: partidos de Izamal y Motul. Departamento de Valladolid: partidos de Valladolid, Tizimín y Espita. Departamento de Tekax: partidos de Tekax, Yaxcabá, Peto y Bacalar. Departamento de Campeche: partidos de Campeche, Hecelchakán, Hopelchén, Champotón y del Carmen. En 1846 Yucatán estaba dividido en cinco distritos con 18 partidos. Estos cambios significaron que los departamentos dejaran de existir y se convirtieran nuevamente en distritos, que el partido de Yaxcabá cambió de nombre por el de Sotuta y el de Champotón por el de Seibaplaya. El 6 de agosto de 1857 se produjo en Campeche un pronunciamiento, cuyo objetivo fue la separación de ese distrito del territorio de Yucatán, movimiento que fue legalizado en el acta de 9 de agosto del mismo año. El 3 de mayo de 1858 se firmó un convenio en cuyo artículo número uno se estableció que el estado o departamento de Campeche se integraba con los partidos del Carmen, Seiba-playa, Campeche, Hecelchakán y Hopelchén. El convenio fue ratificado por la Junta Gubernativa de Campeche y por el gobernador de Yucatán, quedando consumada la división de la Península en dos estados independientes. En la Constitución Política del Estado de Yucatán de 1862 se estableció que el territorio de la entidad se componía de los partidos de Mérida, Ticul, Maxcanú, Valladolid, Tizimín, Espita, Izamal, Motul, Tekax, Peto, Sotuta, Bacalar y Cozumel e islas adyacentes, aunque finalmente quedaron 12, desapareciendo el partido de Bacalar. Durante el imperio de Maximiliano de Habsburgo, la asamblea de notables estableció el Estatuto Provisional del Imperio Mexicano, de 10 de abril de 1865, mediante el cual la nación se dividió para su administración en departamentos, figurando Yucatán como uno de ellos, reunificado con Campeche. Restaurada la República, fueron anuladas todas las leyes referentes a la organización territorial.

Nuevamente se reformó la división territorial del estado de Yucatán el 24 de julio de 1867 y se formaron 16 partidos: Mérida, Hunucmá, Sisal, Acanceh, Tixkokob, Motul, Temax, Izamal, Sotuta, Valladolid, Espita, Tizimín, Tekax, Peto, Ticul y Maxcanú. En los últimos 30 años del siglo XIX ocurrieron numerosos cambios, entre ellos, se firmaron en 1883 los tratados de límites entre México y Guatemala, en los que se legalizó la pérdida para Yucatán del territorio de Petén Itzá y en 1893 se celebraron los tratados de límites entre México y Honduras Británica, conocidos con el nombre de Spencer-Mariscal, con los cuales se reconoció la soberanía de Inglaterra sobre lo que hoy es Belice, incluido San Pedro, ocupado por los ingleses durante la Guerra de Castas. En la Ley Constitucional para el Gobierno Interior de los Pueblos del Estado, promulgada el 9 de octubre de 1905, se mantuvo la división territorial en 16 partidos; sin embargo, desapareció Sisal como tal y parte de los pueblos que lo integraban pasaron a formar parte del territorio federal de Quintana Roo, conformado desde 1901, y se creó el partido de Progreso. El 26 de junio de 1915, un decreto emitido por Venustiano Carranza ratificó a Quintana Roo como territorio federal «segregado del estado de Yucatán y sujeto al Gobierno General».

Años más tarde, el 14 de diciembre de 1931, por decreto del presidente Pascual Ortiz Rubio se suprimió este territorio incorporando parte de su superficie al estado de Campeche y la restante al estado de Yucatán; sin embargo, se anularon estas disposiciones en 1935, cuando el presidente Lázaro Cárdenas erigió nuevamente el territorio federal de Quintana Roo, que alcanzó categoría de estado en 1974. La Revolución Mexicana postuló desde sus orígenes la libertad municipal, conquista que se plasmó en la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos de 1917. Al año siguiente, la Constitución Política Estatal ratificó la adopción del municipio libre como base de su división territorial y de su organización política y administrativa y se estableció que sería el Congreso del Estado quien sancionaría «la creación o suspensión de los municipios». Entre 1910 y 1921 se crearon ocho nuevos municipios, alcanzando un total de 86; de 1921 a 1930 se formaron 10 más; de 1930 a 1940, nueve, y de 1950 a 1960, uno. En la actualidad, el estado de Yucatán está constituido por 106 municipios.

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