Bacalar Poblado maya posiblemente el más importante de la provincia de Uaymil. Su antigua ortografía era Bakhalal que significa «rodeado o en medio de los carrizos». También se relaciona con la supuesta provincia de Sian Ka’an, mal definida todavía. Bacalar era un centro comercial importante comunicado con la Bahía de Chetumal y productor de cacao y de canoas debido a la abundancia de grandes árboles en toda la región.
A raíz de la Conquista hispana, fue fundada en 1544 la villa de Salamanca de Bacalar por el capitán Gaspar Pacheco. El aislamiento de la villa así como la pobreza de la región, nunca fueron atractivos para desarrollar una comunidad numerosa y próspera. La villa dominaba las provincias de Uaymil, Chetumal y Dzuluinicob. La crueldad de la Conquista no sólo despobló en gran medida la región, sino que generó también un profundo resentimiento en contra de los españoles que propició siempre una falta de cooperación de los indígenas y profundizó el aislamiento de la villa.
Melchor Pacheco, hijo de Gaspar y de María de Vargas, originarios de Alcázar, España, fue el hombre fuerte y el gran beneficiario de la Conquista. Era encomendero de Kitún y Taxamas y de la mitad de Xoca y de Bacalar. Para ello tuvo que renunciar a su encomienda de Sacalum y a la mitad de Sotuta. A su muerte, en los últimos años de la década de 1540, su esposa e hijos heredaron la encomienda de Hocabá.
Entre los primeros encomenderos de Bacalar, todos supuestamente conquistadores, figuraban también Martín Rodríguez, muerto en la sublevación de 1546; Alonso Pacheco, primo de Melchor; Pedro de Ávila, Alonso Hernández, Juan Farfán y posiblemente Juan Pérez de Castañeda.
El Ayuntamiento de 1547 se componía del modo siguiente: alcaldes ordinarios: Alonso Pacheco, Melchor Pacheco. Regidores: Pedro de Ávila, Alonso Hernández. Escribano: Juan Farfán, Juan Pérez de Castañeda. Era también vecino de la villa un tal Juan Garzón.
No hubo fraile durante la primera década con excepción de fray Lorenzo de Bienvenida quien permaneció en la villa por corto tiempo entre 1545 y 1547, al dirigirse de Guatemala a Mérida.
La pobreza de la villa desanimó pronto a algunos de sus pobladores que empezaron a abandonarla. Melchor Pacheco se dirigió a Mérida poco después de 1547 para atender los negocios de su padre y, en 1551, su encomienda de Bacalar así como la de Pedro de Ávila, pasaron a la corona. Estas encomiendas fueron sin embargo reclamadas por Francisco de Magaña, conquistador, que se desempeñaba entonces como procurador.
A raíz de la visita del oidor Tomás López, las encomiendas de la Corona fueron asignadas de nuevo a particulares; a Juan Núñez de Toledo, quien en 1549 era encomendero de Cozumel y Polé, a Juan Bautista, Juan Díaz y Juan Pérez de Tordesillas.
Con ellos, se consolidaría una aristocracia local que dominaría la vida política y económica por varios años, junto con Alfonso Flores y el bachiller portugués Antonio de Castro.
A pesar de la presencia de estos nuevos pobladores, los españoles perdieron poco a poco el control de la población indígena y, a principios del siglo XVII, pobladores de Valladolid mostraron su interés por recobrar su ascendente sobre la región, fomentándose reducciones hasta la región de Tipú, cabecera de la provincia de Dzuluinicob. Estas actividades, sin embargo, generaron el descontento de los mayas que culminó en la rebelión general de 1638. Los nuevos vecinos, originarios de Valladolid, eran principalmente Julio Sánchez de Aguilar, quien fue alcalde ordinario de Bacalar en 1609 y Bernardo Sánchez de la Seña, comisario de la Real Hacienda de 1609 a 1612. Esta gente, con frecuencia, se ausentaba por largos períodos de Bacalar y designaba apoderados para administrar sus negocios quienes tuvieron fama de cometer fraudes a la Real Hacienda, promover la corrupción administrativa y maltratar a los indios.
Después de la sublevación de 1638, los Sánchez de Aguilar trataron de recuperar el control de la población nativa reubicando mayas del actual territorio de Belice alrededor de Bacalar, en el barrio de San Juan Extramuros o en Tamalcab, puerto en la Bahía de Chetumal comunicado con Bacalar. Sin embargo, el proyecto fracasó ante la resistencia de Tipú y los ataques de los bucaneros. Diego Lucifer, el Mulato, atacó en 1642 en la desembocadura del río Belice, a una partida de españoles que se dirigía a Guatemala y poco después saqueó la villa de Bacalar llevándose a dos de sus pobladores. La villa empezaba a recuperarse cuando de nuevo fue saqueada por el pirata Abraham en 1548. Sus habitantes huyeron, estableciéndose en Pacha, sobre el camino de Chunhuhub.
En 1652, un nuevo grupo de vecinos encabezado por el viejo Juan Gómez de Santoyo, trató por última vez de restablecer el control español sobre la región. Las entradas efectuadas entonces por el capitán Francisco Pérez en Belice, no tuvieron sin embargo, el efecto deseado y por largos años, ya nada se sabe de la vida de Bacalar.
Al final de 1686, un meridano llamado Juan del Castillo y Toledo emprendió lo que creía podía llevarlo a la conquista del Itzá. Hizo una entrada en la región llamada la Pimienta, al poniente de la entonces abandonada Bacalar, donde logró algunas reducciones alrededor de Chanchanhá. Este episodio permitió por algunos años, un discreto renacimiento de Bacalar cuyos habitantes se habían avecindado en Chunhuhub. En la matrícula de 1688, el cabildo se componía de los descendientes de los antiguos pobladores de Bacalar. Alcalde ordinario: Diego Estevan de Castro. Regidores: Fernando Sánchez, Francisco de Hariza y vecinos cuyos apellidos Sánchez, Martín, Pérez, Delgado y Franco, remontaban al siglo XVI o principios del XVII.
Después de la conquista de los Itzá, la Bacalar «de Chunhuhub» desaparece de los documentos hasta 1726, cuando Antonio de Figueroa emprende el desalojo de los ingleses de Belice. El repoblamiento empezó en 1729 con colonos venidos de las islas Canarias sin que se sepa si algún descendiente de los viejos pobladores avecindados en Chunhuhub, regresó a Bacalar.
El nuevo poblado sin embargo, estuvo dominado por el fuerte que entonces se edificó con el nombre de San Felipe de Bacalar y la guarnición militar que protegía a los habitantes de las incursiones de indígenas y extraños.
El resto del siglo XVIII fue pacífico para Bacalar, cuya población dedicada al comercio y la agricultura nunca sufrió de agresión alguna. Con frecuencia recibía la visita de militares que, desde Campeche, supervisaban la frontera con la concesión británica y que implementaban obras de consolidación del fuerte o castillo de San Felipe. Así, recibió la visita de Juan de Villajuana, Juan de Dios González, Agustín Crame y de Rafael Llobet, ingenieros que supervisaban las obras de mantenimiento y conservación de este presidio que, junto con el del Petén, protegían la frontera contra las pretensiones británicas.
Fue hasta mediados del siglo XIX, durante la Guerra de Castas, cuando Bacalar volvió a sufrir los estragos de la conflagración. En 1848, Venancio Pec se presentó ante el capitán Pereira, solicitando armas y provisiones. La respuesta de Pereira estuvo en sus cañones, que causaron estragos entre los mayas; sin embargo, Pec cambió de táctica y ocupó la villa pacíficamente a cambio de respetar la vida de la población que se refugió del otro lado del río Hondo.
El superintendente inglés Charles Fancourt reconoció la autoridad de Venancio Pec con quien los ingleses siguieron comerciando. Sin embargo, el gobernador Barbachano ordenó una campaña para interrumpir el tráfico de armas por el río Hondo que incluía la recuperación de Bacalar. El coronel Cetina zarpó de Sisal, con sus hombres el 20 de abril de 1849 y desembarcó en la desembocadura del río Hondo desde donde prosiguió hasta Bacalar que fue reconquistado. Inmediatamente, Jacinto Pat mandó a José María Tzuc con un fuerte contingente para reconquistar Bacalar que, sin embargo, resistió hasta el año de 1858. En la noche del 20 de febrero, los mayas, al mando de Venancio Puc, tomaron el pueblo por sorpresa y masacraron a todos sus ocupantes. Bacalar fue recuperado hasta 1901 con la última campaña contra los sublevados, encabezada por el general Ignacio Bravo y el contralmirante Ángel Ortiz Monasterio. Éste, remontando el Chaac, ocupó el pueblo abandonado el 21 de marzo.
Poco a poco, el lugar volvió a poblarse y la vida a normalizarse. Con la construcción de la carretera de Chan Santa Cruz —hoy Felipe Carrillo Puerto— a Bacalar y Chetumal el comercio se incrementó y se abrió la posibilidad de atraer más y más turismo por el bello espectáculo de su laguna azul, su fuerte de San Felipe restaurado y convertido en museo y sus excelentes restaurantes.