Biblioteca Manuel Cepeda Peraza Primero fue biblioteca del Instituto Literario del Estado y comenzó a funcionar el 1 de octubre de 1868, con 600 volúmenes, siendo el primer bibliotecario Andrés Aznar. La Ley Orgánica de la Instrucción Pública del Estado, del 30 de junio de 1869, dispuso que la Biblioteca pasara a depender del Consejo de Instrucción Pública y que se denominara Biblioteca Cepeda, en memoria de Manuel Cepeda Peraza, fallecido meses atrás. En mayo de 1870 se expidió su nuevo reglamento. En un informe de 1877 se da a conocer que la Biblioteca tenía 1,179 volúmenes.
Para facilitar el acceso del público, el 5 de mayo de 1879 la Biblioteca fue instalada en la planta baja del mismo edificio, junto a la puerta de la calle 60. El gobernador Octavio Rosado, en su Informe de enero de 1884, asienta que la biblioteca ya tenía 1,340 volúmenes. En mayo de 1887 se hizo un catálogo y en 1894 fue trasladada al local ubicado en la calle 59, que había sido un anexo del templo de Tercera Orden. Para 1898 contaba con 2,300 volúmenes y según Decreto de 30 de enero de 1904 pasó a depender directamente del Poder Ejecutivo del Estado.
Se cerró durante cuatro años por inventario y para construirle más estanterías, además de adecuar el local con pasillos en la planta alta y más mesas de lectura. En 1916 recibió aporte público y privado y se dice que tenía 7,000 volúmenes. Los gobiernos posteriores cuidaron de su funcionamiento, surtiéndola ocasionalmente de nuevas obras. En 1946 se creó la Dirección General de Bibliotecas, bajo cuya dependencia quedó la Biblioteca Cepeda. En 1979 fue trasladada del local de la calle 59, donde permaneció hasta 1985 en la planta alta de la Casa de la Cultura del Mayab en la calle 63 junto con la Biblioteca Crescencio Carrillo y Ancona que perteneció al Museo Arqueológico. El acervo de la Biblioteca Cepeda se acrecentó al adquirir el gobierno la biblioteca particular del poeta Clemente López Trujillo, la de Santiago Burgos Brito, más un lote de otros 2,000 de la extinta Biblioteca José Martí que estuvo ubicada en el Parque de las Américas. Recibió la biblioteca que perteneció a Humberto Peniche Vallado, así como diversos donativos. El gobierno adquirió parte de la biblioteca que fue de Rogelio V. Suárez y la de Antonio Mediz Bolio. En enero de 1986 fue ubicada en su local propio, en la esquina de las calles 55 con 62 (casa histórica por haber nacido en ella Guty Cárdenas).