Bárcena, Juan José de la  Maestre de campo, general del ejército real. Por su gran reputación militar fue nombrado gobernador de Yucatán. Llegó a la Península con una compañía de caballería y cien hombres de infantería. Tomó posesión de su gobierno el 25 de julio de 1688. Tuvo como teniente y asesor a Bernabé de la Torre. El gobernador de la Bárcena se dedicó de inmediato a la organización militar de la provincia para hacer frente a los ataques y saqueo de los piratas. Con miras a la defensa de Campeche estableció tres compañías de 100 hombres y para vigilar la costa dividió una compañía de caballería en dos secciones: la primera protegería la banda de barlovento y la otra la de sotavento. Organizó la defensa de Mérida y de las villas de Valladolid y Salamanca y nombró sargento mayor de Mérida a Pedro de Osorio el 19 de mayo de 1689. De la Bárcena dedicó gran esfuerzo a la construcción de la muralla de Campeche y concluyó el primer castillo del contorno de la muralla, llamándole Santa Rosa, y algunos baluartes. Todos estos trabajos requerían de una fuerte inversión, por lo que estableció un impuesto de cuatro reales por cada fanega de sal que saliera de Yucatán. Fue muy enérgico en el cobro de esta contribución aunque se apeló al virrey y éste sometió el asunto al monarca. El obispo Cano y Sandoval apoyó los trabajos de fortificación de Campeche con una colecta entre el cabildo eclesiástico y los curas del Obispado, logrando una recaudación de 3,170 pesos que se emplearon en la obra. Gracias a estos esfuerzos y a la muralla de Campeche que se iba construyendo se logró en junio de 1692 que siete buques al mando de un corsario no se atrevieran a atacar esta plaza. En octubre del mismo año asoló la provincia un fuerte ciclón causando graves daños que, aunados a la plaga de langosta, trajo como consecuencia un hambre general a la que se sumaron las fiebres palúdicas. El obispo desplegó una actividad extraordinaria, socorriendo a los enfermos y a todos los que acudían a él y distribuyendo alimentos, ropa y medicinas.

En el ramo de justicia, siguiendo el espíritu de centralización de la Corona, se recibió una real provisión por la que los alcaldes ordinarios debían avisar al gobernador antes de dar cumplimiento a cualquier sentencia de pena corporal que hubiesen impuesto. Juan José de la Bárcena fue sustituido en el gobierno de Yucatán por Roque Soberanes Centeno el 20 de agosto de 1693.