Flotas Los motivos que llevaron a la Corona Española a instaurar el sistema de flotas en la carrera de las Indias fueron, sin duda, el tratar de conseguir la seguridad para los navíos y preservar a la vez los ingresos reales procedentes del Nuevo Mundo. La ordenanza que estableció la salida periódica de las flotas fue promulgada en agosto de 1543, como consecuencia de la reanudación de la guerra contra Francia. A partir de ese momento, sólo naves de 100 toneladas como mínimo podrían conducir mercancías a las Indias y habrían de hacerlo en flotas de al menos 10 naves mercantes, si bien desde 1521 se había creado la primera Armada de Averías para la guarda de los barcos provenientes de América. Estas flotas tendrían dos salidas al año, en marzo y en septiembre, y habrían de ir protegidas por un barco de guerra que se aprovisionaría a costa de la avería. Este buque acompañaría a los mercantes hasta que cada uno tomase su rumbo final en el Caribe. A los tres meses se reunirían en La Habana para iniciar el regreso a España por el mismo sistema de convoyes que habían llevado en el viaje de ida. El número de bajeles de protección que salieron en años sucesivos aumentó con el buen criterio del Consulado, que estimaba que un solo bajel daba escasa protección a la flota con lo cual, a partir de entonces, el número de ellos aumentó a seis.
El año de 1552 momentáneamente, según constatan Veitia, y Antúnez y Acevedo, se resolvió dar libertad a los barcos para navegar sin formar convoyes, a condición de que cada uno estuviese debidamente acondicionado para hacer frente a los ataques de los piratas; en tanto, la Corona mantendría dos escuadrones navales en las proximidades de las costas españolas y americanas. En 1553 se restablece el sistema de flotillas en los períodos de guerra, aunque según nos dice Veitia, este sistema de libertad se mantuvo e incluso el 11 de agosto de 1554 se rebajaba a seis el número de naos necesarias para poder viajar a las Indias. De este modo, como señala Haring, durante más de la primera mitad del siglo XVI, se fueron alternando las iniciativas del Consulado con las de la propia Corona y no fueron pocas la naos que, debidamente pertrechadas, emprendieron en solitario la travesía del Atlántico. Hacia 1566, es cuando se estructura definitivamente la navegación con las Indias, que se mantuvo con pocas variaciones durante la época de los Habsburgo. El 18 de octubre de 1564 se dictaron unas ordenanzas disponiendo que se fletasen dos flotas separadas anuales para la Nueva España y Panamá; la primera partiría a principios de abril y la segunda, en agosto, hacia Nombre de Dios. Ambas pasarían el invierno en Indias y se reagruparían en marzo en el puerto de La Habana, desde donde a partir del décimo día iniciarían el viaje de regreso. Sin embargo, la fecha de salida no fue tan exacta como se pretendía en las ordenanzas, a veces por la urgencia de recibir el tesoro americano en la Península o por la lentitud y retraso en las salidas desde España. A este respecto, en las ordenanzas del 20 de enero de 1582 se dispuso que las flotas de Nueva España habían de salir sin ninguna remisión «por todo el mes de mayo de cada año», para lo cual nombraría el rey, sin falta, al general y almirante en diciembre; que el día de año nuevo se nombrasen las naos para capitana y almiranta con acuerdo del general de la flota, y que dentro de los ocho días siguientes diese visita a los que hubiesen de ir mercantes, señalando el número de ellas con acuerdo del prior y cónsules.
Asimismo, con relación a la carga, pasado este plazo no se daría autorización a ningún navío sin particular licencia del rey. Es decir, que todas las naos de la flota, así de guerra como mercantes, estarían irremisiblemente en Sanlucar todo marzo para ser visitadas por el juez oficial durante ese mes. Aún en las nuevas ordenanzas del 17 de enero de 1591, se continuaba insistiendo en la importancia de que los navíos protegieran la flota, ante el hecho de que algunas naos siguieran haciendo la travesía en solitario. Con la disminución del comercio en el siglo XVII, en consulta del 7 de marzo de 1612, se acordó limitar las toneladas para cada flota, tasándolas conforme a la necesidad de mercaderías, si bien se continuaron despachando anualmente las flotas hasta 1680. A partir de esa fecha y hasta 1695 fueron los despachos algo más interrumpidos, a pesar de ser importante el número de toneladas ocupadas en el comercio. Veitia nos dice que después de 1651 la Nueva España no estuvo ya en condiciones de sostener una flota anual y, mientras en los tiempos anteriores las flotas alcanzaban una magnitud de 8,000 o 9,000 toneladas, en su tiempo se atribuía a milagro el poder despachar cada dos años una de 3,000 toneladas. El 26 de octubre de 1674 se promulgaron nuevas ordenanzas reguladoras del sistema de flotas, reproduciendo en parte las de 1572, 1573, 1582 y 1591. Diferentes aspectos relacionados con las flotas y las armadas se encuentran contemplados en varios títulos del libro IX de la Recopilación de las Leyes de Indias. Así por ejemplo, el 30, dedicado a las armadas y flotas; el 32, del apresto de las armadas y flotas; el 36, de la navegación y viaje de las armadas y flotas, etcétera.