Imperio  Primer Imperio: al consumarse la Independencia de México, el gobierno provisional nombró al brigadier Melchor Álvarez como gobernador y capitán general de Yucatán, quien asumió el cargo el 8 de marzo de 1822. Era hombre de Agustín de Iturbide y, por tanto, se convirtió en partidario del Imperio Mexicano que aquél encabezó a partir del 19 de mayo. Yucatán, al igual que Guatemala, se adhirió al Imperio, pero su habitual tranquilidad se interrumpió al saberse que el comandante de la plaza de Veracruz, Antonio López de Santa Anna, proclamó la República el 2 de diciembre de ese año. Álvarez inmediatamente convocó a la Diputación Provincial para intercambiar impresiones y dirigió una proclama al pueblo exhortándolo a conservar el orden. Luego se conoció la renuncia de Iturbide al trono. El acontecimiento produjo beneplácito entre los hombres de ideas avanzadas y durante una junta celebrada en Bécal, Campeche, auspiciada por Álvarez, los militares se adhirieron al Plan de Casa-Mata, proclamado por Santa Anna, al igual que la Diputación Provincial y la ciudad de Campeche. Segundo Imperio: al 10 de abril de 1864, Maximiliano de Habsburgo aceptó en Miramar la Corona Imperial de México. Llegó a territorio mexicano el 28 de mayo y entró a la capital de la República el 11 de junio, amparado por el ejército francés que había invadido México. Ya en funciones, designó y envió a Yucatán a José Salazar Ilarregui como comisario imperial, quien asumió el cargo el 4 de septiembre. En Mérida fue recibido por los regidores David Casares, Buenaventura López y Armando Villajuana. Durante su administración, Salazar Ilarregui suprimió la guardia nacional y formó batallones llamados auxiliares; otorgó facilidades para que artesanos e indígenas pudieran retirarse del servicio militar; suprimió la costumbre del «rebaje», que era la exención de servir en las milicias a cambio de cierta paga; nombró una comisión científica que levantó el primer plano de la ciudad de Mérida; estableció la línea telegráfica a Sisal y montó un observatorio meteorológico y astronómico en el antiguo colegio de San Pedro.

Yucatán se dividió en los departamentos de Mérida, Campeche y el Carmen, a cargo de un prefecto político superior. Para Mérida fue designado el coronel Navarrete, sustituido poco después por José García Morales. El ministro de Guerra, Juan de Dios Peza, anunció el envío de tropas mexicanas y austriacas a Yucatán para combatir a los indígenas y finiquitar la Guerra de Castas. Pidió apoyo financiero para ese fin y se lo ofrecieron los yucatecos Manuel José Peón, Felipe Ibarra de León, Ramón Aznar Pérez, Manuel Dondé Cámara, José Dolores Escalante, Juan Miguel Castro y Ramón Juanes Patrulló. En febrero de 1865, José María Gálvez desembarcó en Sisal con un batallón de línea, y el 27 de abril, Severo del Castillo asumió la jefatura de la Séptima División Militar que comprendía a Yucatán, Tabasco y Chiapas. Trazado el plan de campaña, se abrió un camino ancho que iba desde Tihosuco hasta el campo enemigo, rumbo a Kampocolché. Los enfrentamientos entre el ejército y los indígenas rebeldes fueron cruentos. Los militares Cantón, Gálvez y Sandoval fueron derrotados en junio. A poco de la derrota, Daniel Traconis, quien había vuelto del destierro y reconocido alperio, regresó a Yucatán al mando del Noveno Batallón de Línea, enviado por Salazar Ilarregui como guarnición de Valladolid, para sustituir a Gálvez. En noviembre de ese año viajó a Yucatán la emperatriz Carlota, acompañada de una comitiva oficial presidida por el ministro de Relaciones del Imperio, Fernando Ramírez. Desembarcó en Sisal, visitó Mérida y Campeche, así como Uxmal. En marzo de 1866, el emperador Maximiliano designó a Salazar Ilarregui ministro de Gobernación y envió como comisario imperial a Domingo Bureau, quien asumió el cargo el 25 de marzo.

La guerra contra los indios rebeldes continuó, los militares imperiales sitiados en Tihosuco, lograron dispersar a los mayas, pero luego abandonaron la plaza. Salazar Ilarregui fue nuevamente designado comisario y entró en funciones el 10 de noviembre. La estabilidad del Imperio ya era vacilante. La defensa de la República en la Península fue encabezada por Pablo García a quien el gobernador de Tabasco, Gregorio Méndez, proporcionó elementos de guerra y algunos combatientes. García junto con Pedro Celestino Brito, emprendió la marcha sobre Campeche, a la vez que Salazar Ilarregui envió a Traconis para tomar esa plaza y apoyar al comandante imperialista Espejo, quien se mantenía en el recinto amurallado de la ciudad. Pablo García proclamó a Manuel Cepeda Peraza como jefe del movimiento republicano y éste salió de Mérida rumbo a Campeche el 17 de enero de 1867 para unirse a dicho movimiento. En Yucatán se formó un núcleo armado en favor de la República, que se dirigió también hacia Campeche para vincularse con García. Días más tarde, el campo de batalla se trasladó de Campeche a Yucatán, suscitándose enfrentamientos y persecuciones entre Traconis y Cepeda Peraza. El 15 de marzo, el jefe republicano tomó Mérida por sorpresa y ocupó el palacio de gobierno, se apoderó de armas y parque y liberó a varios presos políticos. Traconis se dirigió a Maxcanú, mientras que Cepeda lo hizo a Izamal, localidad que se vio obligada a capitular, después de que en Tecoh, Cepeda derrotó a parte de las fuerzas de Traconis. Los partidos del oriente se adhirieron a la causa republicana y en Motul, con una división de 2,500 hombres, Cepeda marchó sobre Mérida y el 21 de abril inició el sitio que se prolongaría por más de 50 días. Ocupó inmediatamente los barrios de San Cristóbal y La Mejorada y asumió todos los poderes del comisario imperial. A partir de la toma de Querétaro y del encarcelamiento de Maximiliano, suscitado el 15 de mayo, las fuerzas imperialistas fueron perdiendo posiciones, por lo que Navarrete, quien desde el 5 de junio sustituyó a Traconis en el mando superior militar, recibió órdenes de Salazar Ilarregui, para ofrecer a los republicanos yucatecos la capitulación de sus fuerzas. El 14 de junio se encontraron Donaciano García Rejón y Daniel Traconis, por parte de los imperialistas, y Miguel Castellanos Sánchez y Yanuario Manzanilla, por los republicanos, para discutir los términos de la rendición. El 15 de junio se firmó el acta que garantizó la vida y libertad de los militares y civiles que defendieron el Imperio. A Salazar Ilarregui se le otorgó pasaporte para Nueva York, en tanto que Navarrete, Cantón y Villafaña partieron para La Habana. El 19 de junio fueron fusilados en el Cerro de las Campanas, Querétaro, Maximiliano de Habsburgo, Miguel Miramón y Tomás Mejía. El presidente Benito Juárez procedió a restaurar la República.