Lagunas  De acuerdo con los geógrafos europeos, el término laguna tiene un significado restringido, y lo definen como una extensión de agua salada o salobre, aislada del mar por una lengua de tierra estrecha. En nuestro país se le ha añadido el modificador de costeras o litorales, para diferenciarlas de los lagos pequeños. En la Península de Yucatán existen lagos (interiores) y lagunas (costeras), aunque a todos se les denomina lagunas. Del primer tipo destacan las de Cobá, Chichancanab y Bacalar, aunque en esencia ésta última es costera, y de las segundas sobresalen la de Términos, de Conil o Yalahau, Nichupté y Chacmochuc. Las lagunas tienen una importante función en el desarrollo de la fauna marina debido a que la mayor parte de las especies pasan sus primeros años de vida en ellas y luego salen al mar. Son ecosistemas frágiles, aunque pueden ser explotados con una política racional y planificada. Un caso de grave deterioro ecológico se presenta en la laguna de Chelem, donde el manglar ha sido destruido por la carretera que lo atraviesa. Esto impide el intercambio natural de agua y la realización de las funciones principales de la laguna. A diferencia de las lagunas del resto del país, las de Celestún, Chelem, Dzilam de Bravo y Río Lagartos tienen una fuente de abastecimiento de agua dulce, proveniente de afloramientos del manto freático, conocidos también como ojos de agua o manantiales. Las lagunas de la Península, al ser bañadas por estos afloramientos, tienen fósforo en pocas cantidades, así como nitratos y silicatos, y esto propicia que sean bajas en nutrientes.

La flora predominante que vive en la laguna es la macroalga, mientras que su fauna se compone principalmente de camarones, lisa, corvina, mojarra, jaiba y robalo, especies que afrontan graves problemas en su reproducción debido a la sobreexplotación comercial. La gran comunidad de flamencos que habita la laguna de Celestún por ejemplo, constituye un gran atractivo turístico. Entre los agentes que han afectado el ecosistema de las lagunas, destacan la tala inmoderada del manglar y de vegetación inundable, los rellenos indiscriminados de la ría, la explotación irracional de cenotes y manantiales, la urbanización con poca o nula planificación y la actividad extractiva y de transformación, como es el caso de la industria salinera y pesquera.