Inquisición  Tribunal eclesiástico establecido, tanto en los reinos españoles como en los indianos, para inquirir y castigar «los delitos contra la fe católica». Su implantación se debió al celo religioso de Isabel la Católica y a razones políticas de Fernando de Aragón. En 1478, ambos obtuvieron una bula del Papa Sixto IV con el nombramiento de los primeros inquisidores. Dos años después funcionó el primer tribunal en Sevilla; luego se crearon en otras ciudades de los reinos de Castilla y de Aragón, que sustituyeron la inquisición medieval. Cabe anotar que la Inquisición no entró en los reinos de Castilla y León sino 250 años tras su establecimiento en casi toda Europa. En 1483 fue creado el Consejo de la Suprema y General Inquisición, conocido popularmente como «la Suprema», con autoridad sobre los tribunales provinciales. La implantación de la Inquisición en América fue muy temprana; Bartolomé de las Casas hizo una petición de creación del tribunal al cardenal Cisneros en 1516, como forma de preservar la pureza de la fe y librar a los indios de la influencia de los herejes, así lo expone en su Memorial de remedios para las Indias. El Papa Adriano VI, el 1 de mayo de 1522, mediante la bula Exponi Nobis otorgó entre otras, las facultades del santo oficio a los obispos y a las órdenes religiosas en el Nuevo Mundo. En un principio, la jurisdicción la ejercían de forma delegada cada obispo en su demarcación, recibiendo la potestad del cardenal de Toledo que era el inquisidor general.

Los tribunales de la fe católica, como tales, se fundaron de acuerdo con la real cédula de 25 de enero de 1569 y en la Nueva España fueron establecidos en 1571. El tribunal estaba compuesto por dos inquisidores, un fiscal, un secretario y funcionarios menores como comisarios, familiares, alguacil, receptor, notario de secuestros, nuncio, portero, médico, etcétera, que podían ser nombrados por el presidente, previo informe de ser personas respetables, y envío del expediente al consejo. Los delitos que directamente castigaba la Inquisición eran los de herejía, apostasía, hechizos, maleficios, encantamientos y supersticiones. Los indios quedaban excluidos de la jurisdicción del tribunal, que sólo tenía poder para juzgar a los españoles, criollos, mestizos y extranjeros que cometieran delitos contra la fe. Los recursos económicos con que contaba el tribunal eran las multas y confiscaciones. La incautación de bienes se aplicaba a todos los procesados y con cargo a su cuenta se les mantenía, mientras permanecían en las prisiones; si eran absueltos se les devolvía lo sobrante; si eran condenados a penas graves se les confiscaba la totalidad de sus propiedades.

En el siglo XVIII, la Inquisición cayó casi en la rutina, desatendió sus propios fines y se convirtió básicamente en instrumento político del gobierno. Con la implantación de la dinastía borbónica y la introducción de las ideas de la Ilustración, tuvo que atender crecientemente a los escritos de los filósofos, a los libros que circulaban y a las personas que podían divulgar ciertas ideas en instituciones públicas o privadas. Como consecuencia, se hicieron numerosos índices aplicados en España e Indias. El primero de ellos data de 1707, ampliado posteriormente en 1739, y sustituido por el nuevo Índice de libros prohibidos, de 1747. La Inquisición, como ya fue indicado, se establece en 1571 en la Nueva España; sin embargo, a Juan de Zumárraga se le había otorgado, en 1528, el poder inquisitorial y antes, en 1522, había sido juzgado por la Iglesia el indio Marcos de Acolhuacán por amancebamiento.

En Yucatán, según Diego López de Cogolludo, la Inquisición se estableció por cédula real de 16 de agosto de 1570, presentada en el Cabildo de Mérida el 29 de diciembre de 1571 y que a saber dice: «El rey. Consejo, justicia y regimiento de la ciudad de Mérida de la provincia de Yucatán: Sabed que entendiendo ser muy necesario y conveniente para la conservación y ensalzamiento de nuestra santa fe católica, poner y asentar en esas provincias el Santo Oficio de la Inquisición: el reverendísimo en Cristo padre cardenal de Siguenza, presidente de nuestro consejo, e inquisidor apostólico general de nuestros reinos y señoríos, con acuerdo de los del nuestro consejo de la general Inquisición, y consultado con nos, ha proveído por inquisidores apostólicos contra la herética pravedad a los venerables doctor Pedro Moya de Contreras y licenciado Cervantes, y los oficiales y ministros necesarios para el uso y ejercicio del santo oficio. Y considerando lo mucho que importa al servicio de nuestro Señor que en esas partes, a donde fue servido que estuviese tan fundada la predicación y doctrina de nuestra santa fe católica, se proceda con todo rigor y castigo contra los que se apartasen de ella: fue acordado que resida en la Ciudad de México. Y porque es necesario que visiten esas provincias, y vayan a ejercer en ellas el dicho santo oficio, con los oficiales y ministros necesarios, y que sean favorecidos, os encargamos y mandamos que deis y hagáis dar a los dichos inquisidores y oficiales, todo el favor y ayuda que os pidieren, e hubieren menester, para ejercer libremente dicho santo oficio. Y proveed con todo cuidado y advertencia que los dichos inquisidores sean honrados y acatados, e se le haga buen tratamiento como a ministros de un tan santo negocio, porque así cumple al servicio de Dios y nuestro. Fecha en Madrid a diez y seis del mes de Agosto de mil y quinientos y setenta años. Yo el rey. Por manda de su majestad. Zurita.» De las acciones inquisitoriales realizadas en Yucatán sobresale el llamado Auto de Fe de Maní, que realizó Diego de Landa en 1562, efectuado para amedrentar a los indígenas que todavía practicaban sus ritos antiguos. Los métodos que aplicó contradecían las ordenanzas reales que prohibían el mal trato a los naturales, sobre todo en lo referente al culto religioso, ya que eran considerados «cristianos recientes» y por lo tanto no podían ser juzgados. Sin embargo, Diego de Landa se adjudicó facultades de inquisidor, bajo el argumento de acabar con la idolatría. Molina Solís dice que: «Nombró alguaciles para prender a los presuntos reos y constituido el tribunal inquisitorial, el padre Landa como pretendido supremo juez, con toda la firmeza de su carácter absoluto se puso a castigar sin misericordia. Expidió edictos inquisitoriales, y organizó la tortura con algunos de los espantosos accesorios que se acostumbraban emplear en aquella época como medio de investigación en los tribunales del mundo, pues desgraciadamente entonces era tal el atraso del derecho penal, que se consideraba lícito usar del tormento para averiguar la verdad».

Además de castigar a los indígenas, Diego de Landa quemó numerosas reliquias y libros sagrados para los antiguos mayas. Según la relación de objetos destruidos por Landa, publicada por Justo Sierra en el apéndice de la segunda edición de la Historia de Cogolludo, en este Auto de Fe se acabó con 5,000 ídolos de distintas formas y dimensiones, 13 piedras pequeñas, de varias formas, 27 rollos de signos y jeroglíficos en piel de venado y 197 vasos de todas dimensiones y figuras. Diego de Landa fue acusado y juzgado por tales actos, pero gracias a la bula Exponi Novis, que todavía estaba vigente, salió libre de todo agravio. Sin embargo, las discusiones que se suscitaron en torno al pleito favorecieron la decisión de la corona española, apoyada por el papado, para que los indios no dependiesen de la jurisdicción del santo oficio, sino de jueces eclesiásticos ordinarios en los obispados. Otro acto de esta naturaleza lo protagonizó Gregorio Fuente Ovejuna, enviado por Gregorio de Montalvo a la provincia de Campeche, en calidad de visitador, debido a los informes que habían recibido sobre agravios contra la religión cometidos por los indígenas en dicha zona. Fuente Ovejuna castigó cruelmente a los culpables; por tal motivo fue acusado en 1574 por Rodrigo Franquez, a petición de Francisco May, cacique del pueblo de Campeche, y del teniente de los demás caciques y principales de aquel territorio. Presentó a la Real Audiencia una queja en donde se decía que Fuente Ovejuna había castigado sin culpa ni razón alguna a muchas autoridades indígenas, acusadas de amancebamiento o de borrachos, a los cuales los metían en cárceles y cepos, para después sacarlos y públicamente azotarlos sin misericordia. En el libro de Pedro Sánchez de Aguilar titulado Informe contra Idolorum Cultores del Obispado de Yucatán, cuya primera edición apareció en Madrid en 1639, está el pronunciamiento de la Real Audiencia de México relativa a este caso. En esta obra se encuentran numerosas cédulas y documentos relativos a la Inquisición en Yucatán, por lo que es indispensable para todo trabajo de investigación sobre el tema.

Eva Alexandra Uchmani en su trabajo «Cuatro casos de Idolatría en el área maya ante el tribunal de la Inquisición», publicado en Estudios de Cultura Maya, registra cuatro documentos importantes; el primero se refiere al proceso que se llevó a cabo en 1582 contra el negro Cristóbal, esclavo, vecino de Campeche, acusado de participar en las comidas ofrecidas por los indios mayas de Yucatán a sus deidades; otro documento refiere el proceso contra del encomendero español Vela y Aguirre, acusado en 1614, de participar en un convite ofrecido por los indios a sus dioses; también registra el caso de Pascual de los Santos Casanova, el payha o «llamador de lluvias», catalogado como indio pardo, o sea de raza negra, quien fue acusado de realizar ceremonias idolátricas y, en castigo, condenado, junto con su familia, a tres años de prisión, y por último el auto de la Inquisición que prohibió la danza del Tum-te-leche, que se efectuaba principalmente en la zona quiché, en Guatemala. Todos los casos citados demuestran la resistencia cultural del pueblo maya y sus manifestaciones ante la imposición de una nueva cultura religiosa, el cristianismo. Carlos R. Menéndez en su trabajo «Las actividades de la Santa Inquisición en Yucatán durante la dominación española», publicado en Cuadernos de Historia, 1938, dice que Yucatán fue una de las posesiones españolas menos castigadas por el Tribunal de la Inquisición y que mientras existió el comisariato, éste se limitó a informar y a cumplir órdenes superiores de requisa de libros vedados con los cuales hizo algunos Autos de Fe. El autor registra dos casos de procesos inquisitoriales llevados a cabo en Mérida, uno en 1591, contra Guillermo Miguel, francés de nacionalidad, natural de la ciudad de Ave de Gracia, acusado de ser «sospechoso de luterano»; las primeras diligencias se practicaron en Mérida y luego expediente y reo fueron enviados a la Ciudad de México; el otro caso registrado en 1616 se refiere al proceso contra Gonzalo Velazco, vecino de Mérida y natural de la isla de Garachico, archipiélago de las Canarias, por el delito de decir misa, sin ser ordenado; el expediente y el reo pasaron también a la jurisdicción del Supremo Tribunal de México.

En 1586, era comisario del Santo Oficio en Mérida, Hernando de Sopuerta, quien revisó los libros existentes en el obispado de Yucatán. En el trabajo de Carlos R. Menéndez aparece íntegro el documento en el cual, Hernando de Sopuerta reporta la relación de libros vedados tanto del clero secular como del regular. La extinción de la Inquisición, tras su pérdida de acción e influencia, se produjo en 1808 por José Bonaparte, y en 1813 por las Cortes de Cádiz que decretaron en España la abolición de la Inquisición. En 1814 se restablece de forma casi etérea, hasta que definitivamente desaparece en 1820 por el régimen liberal.