Instituto Literario del Estado  Manuel Cepeda Peraza, durante su gestión como gobernador de Yucatán, creó por decreto de 18 de julio de 1867 el Instituto Literario de Yucatán, o del Estado, como se le llamó posteriormente, mismo que entró en funcionamiento el 15 de agosto de ese año. El decreto constitutivo fue publicado en La Razón del Pueblo, «periódico oficial del Estado Libre y Soberano de Yucatán». Tuvo por sede el predio que ocuparon el Colegio de San Pedro, la Universidad Pontificia y otras instituciones religiosas en tiempos de la Colonia y que hoy alberga a la Universidad Autónoma de Yucatán. Se le concibió como una institución de carácter universitario, laico y con amplio criterio liberal. Inicialmente impartió la enseñanza preparatoria, luego la jurisprudencia, medicina y farmacia, filosofía, agrimensura y la Normal Primaria, pero por mandato de la Ley Orgánica de Instrucción Pública del 30 de junio de 1869, se redujo solamente a los estudios preparatorios, pues dicha Ley creó las escuelas especiales del estado que dependían del Poder Ejecutivo, a través del Consejo de Instrucción Pública. Así, paulatinamente se fueron independizando y adquiriendo local y vida propia las Escuelas Especiales de Medicina, Cirugía y Farmacia; de Jurisprudencia y Notariado; la Escuela Normal de Profesores, además de la Biblioteca Manuel Cepeda Peraza y el Museo Yucateco. El decreto de erección del Instituto, en su artículo cuarto, concedió al gobierno del estado la facultad de designar al director. El primer reglamento ratificó la medida y estipuló en su artículo sexto que el director duraría cuatro años en su cargo, a cuyo término podría ser confirmado para un nuevo período. Sin embargo, el reglamento de 10 de diciembre de 1869 ordenó que la Junta General, compuesta por el director del Instituto y todos los profesores adscritos a la institución, nombraran cada cuatro años por escrutinio secreto al director, vicedirector, prosecretario y a los profesores de las cátedras vacantes, lo cual significó una verdadera autonomía para el Instituto. Un decreto expedido el 21 de agosto de 1878 puso término a la autonomía, al concederle al ejecutivo del estado la facultad exclusiva de nombrar al director, secretario, profesores y demás empleados, sujetándose a la Ley Orgánica de Instrucción Pública de 30 de junio de 1869.

El primer director del Instituto, nombrado por Cepeda, fue Olegario Molina Solís, en orden del 19 de julio de 1867. Fue el organizador del plantel y autor del primer reglamento. Renunció al cargo el 26 de mayo de 1868 al ser electo consejero del gobierno del estado. Le sucedió Gabriel Aznar Pérez, a fines de mayo de 1868, quien renunció por motivos de salud el 7 de mayo de 1870. Molina Solís regresó a la dirección el 18 de mayo de ese año, nombrado por la Junta de Profesores, y renunció el 8 de julio de 1873 al ser electo diputado, por segunda ocasión, al Congreso de la Unión. Le siguió Diego Peniche Vega, nombrado el 12 de agosto de 1873 y suplido sucesivamente por Perfecto Solís León, Serapio Baqueiro Preve y Pablo García Montilla; falleció el 12 de junio de 1874. Ramón Albert Hernández ejerció el cargo del 4 de agosto de 1875 a inicios de 1877; Pablo García Montilla, de principios de 1877 al 7 de diciembre de 1880, fecha en que fue promovido al cargo de presidente del Consejo de Instrucción Pública; Ignacio Gómez Cáceres, de diciembre de 1880 a fines de 1885; Manuel Sales Cepeda, de 1886 a 1894; Adolfo Cisneros Cámara, de 1894 al 28 de agosto de 1895, fecha en que falleció; Agustín Vadillo Cicero, de 1895 a 1898; Julio Rendón Alcocer, en 1898; Rafael Castilla y Echánove, del 7 de septiembre de 1898 a principios de 1902; José Inés Novelo, del 17 de febrero de 1902 a 1910; Félix Gómez Mendicuti, de fines de 1910 a 1911, año en que abandonó la dirección a consecuencia de una huelga de alumnos del Instituto, provocada por la disciplina rigorista que trató de implantar; Fernando Patrón Correa, de 1911 a 1913, renunció para asumir el cargo de Inspector General de Educación Pública. Publicó en 1912 el primer boletín impreso de la institución llamado La Educación. Revista Mensual de Pedagogía y Letras. Órgano del Instituto Literario. Continuó Sebastián García Mézquita, del 2 de octubre de 1913 a noviembre del mismo año; Martín Medina Rosado, del 10 de noviembre de 1913 a septiembre de 1914; Óscar Ayuso O’Horibe, del 24 de septiembre de 1914 a fines de 1917; Manuel Castilla Solís, de fines de 1917 a 1919; Martín Medina Rosado, del 9 de enero de 1920 a enero de 1922; Pedro Caballero Fuentes, del 22 de junio al 2 de julio de 1920. Conrado Menéndez Mena, último director del Instituto, asumió el cargo en enero de 1922. El 25 de marzo de ese año, a iniciativa de José Vasconcelos, secretario de Educación Pública, el gobernador de Yucatán, Felipe Carrillo Puerto, decretó la conversión del Instituto Literario del Estado en Escuela Preparatoria. En ese mismo decreto de 15 de febrero de 1922, publicado en el Diario Oficial, se estableció la creación de la Universidad Nacional del Sureste.