Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS)  Institución descentralizada, creada en 1943 para atender obreros y empleados. Su extensión a Yucatán fue decretada el 1 de agosto de 1957, por lo que al mes siguiente se instaló una delegación administrativa a cargo de Fermín Irabién Ruz. Luego se creó una unión medica presidida por Cirilo J. Montes de Oca, que obtuvo un contrato para subrogar la atención médica, por lo que el IMSS adquirió la casa ubicada en la esquina de las calles 59 y 64, que fue adaptada en su interior para alojar consultorios y oficinas. Los servicios médicos se inauguraron el 1 de noviembre de 1958.

En agosto de 1959, siendo jefe de los servicios médicos Santiago Blanco Castillo, el personal quedó de base en el IMSS por lo que se desintegró la unión médica; Joaquín Jiménez Trava fue nombrado director de la clínica, que contaba con 20 médicos familiares y 20 especialistas. Ese año la población asegurada era de 8,160 trabajadores y 32,960 derechohabientes. Las operaciones quirúrgicas y los partos se siguieron atendiendo en clínicas subrogadas. Se instalaron pequeñas unidades de consulta externa en Tzucacab, Motul, Tizimín, Valladolid, Progreso, Coloradas y Colonia Yucatán. En los terrenos del antiguo campo de aviación El Fénix se construyó un hospital tipo uno (T-1) que con una capacidad de 106 camas fue inaugurado el 18 de enero de 1962; en 1963 las pequeñas unidades foráneas fueron sustituidas por clínicas y en 1968 se amplió el hospital, agregándose otro piso. El 24 de febrero de 1972 se expidió el decreto de extensión de la seguridad social a los ejidatarios henequeneros, por lo que se construyeron 10 hospitales rurales y 30 clínicas de campo, remodelándose el hospital de concentración de 264 camas, al cual se le cambió el nombre por «Lic. Benito Juárez». Lo entregó la Secretaría de Salubridad y Asistencia. Este sistema comenzó a funcionar el 6 de noviembre de 1972. Así, la población que atendía el IMSS era de 48,264 asegurados urbanos; 62,385 asegurados de campo; 4,000 asegurados eventuales; 114,649 asegurados con 296,274 beneficiarios, un total de 410,923 derechohabientes. El 8 de noviembre de 1979 se firmó el convenio por el cual el IMSS-Coplamar inició sus actividades en Yucatán con 38 clínicas rurales y un hospital de 42 camas en Oxkutzcab. En 1980 se organiza la prestación de servicios médicos conforme a los lineamientos de niveles de atención; se crean en Mérida varias unidades de medicina familiar y se implanta este programa en varias poblaciones. En 1985, el T-1 se convierte en hospital de especialidades; inicia la construcción de instalaciones para otras, en la misma área, que terminan en 1993, y hoy configuran el Centro Médico El Fénix. En 1992, el IMSS-Solidaridad se encargó de la atención médica que aún prestaban en la zona henequenera los Servicios Coordinados de Salud Pública en el estado, pero se suspendieron sus actividades en 1995.