Estero de Río Lagartos Cuerpo de agua semicerrado, conectado naturalmente con el mar y con aportación de agua dulce proveniente de afloramientos y manantiales. Por su apariencia de río y por su longitud y anchura, los lugareños lo denominan ría; también por su escasa profundidad y sedimento fangoso algunos lo señalan como ciénaga. Sin embargo, en esencia es un estuario, aunque siempre se le ha denominado estero. Se localiza en el extremo noreste del estado de Yucatán, en el litoral de los municipios de Río Lagartos, Tizimín y San Felipe, entre las coordenadas 21° 26’ y 21° 38’ latitud norte, y 87° 30’ y 88° 15’ longitud oeste. Su extensión es de aproximadamente 80 km, casi el 20% del litoral del estado, cubriendo una superficie de 12 845 hectáreas. Su ancho máximo es del orden de cuatro kilómetros y se presenta a la altura de Las Coloradas. El estero tiene tres comunicaciones con el mar, dos de ellas artificiales. Su comunicación natural se localiza en el extremo occidental, a la altura del poblado de San Felipe. Las conexiones artificiales se hicieron para facilitar la actividad pesquera de Río Lagartos y San Felipe. De acuerdo con los testimonios de viejos habitantes de El Cuyo, en el extremo oriental del estero existió también una conexión con el mar, aunque no permanente.
En la actualidad el estero presenta otras conexiones a consecuencia de los efectos del huracán Gilberto, el cual abrió nuevas bocas, algunas de ellas se han asolvado a causa del arrastre de litoral y otras están en este proceso. Por la formación del embalse, el estero de Río Lagartos se agrupa entre los formados por una barrera secundaria, debida al levantamiento de la costa. La flora del sistema en sus márgenes agrupa comunidades vegetales características de este tipo de ecosistemas. El manglar cubre una franja continua, de ancho variable, en ambas márgenes. En el lado izquierdo, desde la boca hasta el extremo más oriental del estero, se encuentra asociada con vegetación de sabana, mientras que en el derecho tiene serias perturbaciones por la actividad salinera, existiendo también asociaciones vegetales de comunidades de dunas.
El estero es el hábitat natural del flamenco mexicano (Phoenicopterus ruber ruber), de extraordinaria belleza. Hasta antes del paso del huracán Gilberto, en septiembre de 1988, se calculaba una población aproximada de 20 000 individuos, con un área de anidación definida por el puente a El Cuyo y el extremo oriental del estero.
Durante la época de reproducción del flamenco son frecuentes los movimientos entre los esteros de Río Lagartos y Celestún. Además, el estero ofrece amplias posibilidades de alimento a un sinnúmero de especies migratorias y brinda protección a otras terrestres como la zorra, el tigrillo, el pisote, entre otros. Por su importancia ecológica fue declarado Zona de Refugio Faunístico en junio de 1979, asignándosele una superficie protegida de 47 840 hectáreas. Los habitantes de las poblaciones localizadas en las márgenes del estero pescan especies como el camarón, lisa, robalo, etcétera, y extraen sal mediante lagunas de evaporación, principalmente en Las Coloradas y El Cuyo.