Hernández, Francisco  (Siglo XVI) Sacerdote. Fue capellán de las fuerzas militares de Francisco de Montejo, el Mozo, quien dirigió las últimas fases de la conquista de Yucatán. Molina Solís refiere que poco después de la fundación de Mérida, los colonos fueron alertados por un grupo de soldados, sobre la presencia de una multitud de indígenas que caminaban en dirección a T-Hó. Como los españoles eran muy pocos, se aprestaron a defenderse; el capellán Francisco Hernández, juzgando inminente el combate, tomó una cruz y alzándola hizo que todos los soldados y capitanes encomendaran su alma a Dios. Sin embargo, cuando ya se encontraban listos para pelear, los españoles se dieron cuenta de que los indios no venían en plan de guerra. Se trataba del cacique de Maní, que junto con los nobles y señores principales de su provincia y una gran multitud de gente, venía a establecer una alianza duradera y definitiva con el monarca español. Cogolludo apunta: «Dijo Tutul Xiu que, movido del valor y perseverancia de los españoles, había venido a ser su amigo, y que tenía deseo de ser cristiano y así pidió al general se hiciesen algunas ceremonias cristianas para verlas»; Francisco Hernández llevó a cabo la ceremonia de adoración de la Santa Cruz y “atento Tutul Xiu iba imitando cuanto hacían los españoles, hasta llegar a besarla arrodillado con muchas muestras de alegría.”

Después de haberse fundado la ciudad de Mérida, Hernández fue el encargado de escoger un sitio para levantar la primera iglesia. Éste procedió a la construcción del templo; pero no contando la naciente colonia con los recursos necesarios, sólo se pudo hacer un sencillo edificio techado con guano y terminado en pocos meses, el cual se puso bajo la advocación de Nuestra Señora de los Remedios. El 18 de noviembre de 1542, Francisco de Montejo, el Mozo, en unión de Hernández, organizó una asamblea religiosa con todos los vecinos para fundar una cofradía denominada Nuestra Señora de la Encarnación. Ésta fue erigida con el fin de fomentar el culto religioso. Todos los habitantes españoles se suscribieron cofrades, acordándose formar un reglamento al estilo de las cofradías de las ciudades de España. Se sabe también que dicho sacerdote fue el que bautizó a Beatriz de Montejo, hija de Montejo, el Mozo, el 3 de junio de 1543. Días después, el 14 de junio del mismo año, el Cabildo de Mérida dio una instrucción a su procurador para que ante el rey solicitara diversas mercedes, entre éstas una para Hernández que pedía la confirmación de un repartimiento para el sacerdote como pago a la labor realizada en estas tierras. A principios de 1545, Francisco Hernández era cura de San Francisco de Campeche y cuando fray Bartolomé de las Casas desembarcó en ese puerto, lo acogió y le prestó la ayuda necesaria para continuar su viaje a Tabasco y de ahí a Ciudad Real, sede de la Diócesis de Chiapas.