Velázquez de Gijón, Francisco  El rey le concedió la gobernación de Yucatán el 8 de abril de 1573 por tiempo de cuatro años, tomó posesión el 16 de abril de ese año. Días después nombró como teniente asesor al bachiller Álvaro Tinoco Carvajal y como letrado conoció la residencia de Santillán.

Durante su gobierno atendió la cuestión de los piratas, la necesidad de los tributos y el trabajo de los indios. Con respecto de los piratas, creó vigías en la costa y pidió autorización para nombrar a los capitanes de milicia en los puertos y otros lugares. Con respecto de las encomiendas, traía cédula real con autorización para proveerlas cuando vacasen, dando preferencia a los conquistadores pobres o descendientes suyos que careciesen de beneficio.

El trabajo de los indios fue el motivo central de las dificultades constantes entre el obispo Diego de Landa, que llegó a Yucatán el 11 de octubre de 1573, y el gobernador junto con los encomenderos. El obispo, los frailes y a veces el defensor de los naturales, Palomino, defendían a toda costa el que no se les cargase como bestias, que no dieran servicio doméstico en casas de españoles y servicio personal en las milpas, granjerías y otras labores.

Asimismo, exigían que se les pagara con exactitud lo convenido y el justo precio de su trabajo. Landa, los franciscanos y el defensor, no descansaron en esta tarea en favor del indígena escribiendo al rey y al Consejo de Indias, presentándose ante la propia Audiencia de México y logrando cédulas y provisiones reales que regulaban las relaciones entre encomenderos e indígenas.

El Ayuntamiento y los vecinos en cabildo abierto y asamblea general acordaron defenderse contra el obispo y los franciscanos, nombrando a un procurador en Madrid de nombre Juan de Arrazola para evitar que quienes defendían a los naturales les privaran del servicio de éstos.

No había ocasión que desaprovecharan los encomenderos para desquitarse del obispo. Una de éstas fue cuando fray Gregorio de Fuente Ovejuna castigó severamente, durante su visita, a muchos indios caciques alcaldes y otros oficiales por sus desmanes y pecados públicos. Éstos, a través de su defensor Rodrigo Fránquez, presentaron su acusación a la Audiencia de México, la cual recordó a las autoridades civiles y eclesiásticas, el cumplimiento de la cédula real del 4 de septiembre de 1570. Esta ley prohibía a los religiosos trasquilar, azotar, aprisionar a los indios en los cepos y cárceles.

La resolución de la Audiencia le dio al gobernador un arma ventajosa contra el obispo y los franciscanos, al grado de pretender nulificar la jurisdicción de los tribunales eclesiásticos. Dado el caso, no sólo prendió al provisor del obispo sino lo puso en cepo y cárcel pública y después lo envió prisionero a la Ciudad de México. Apesadumbrado, el obispo Landa, ante tantos atropellos, desacreditó a su autoridad y sin lograr casi nada en la defensa de los derechos de los indígenas, decidió embarcarse hacia México para defender personalmente su causa y traer remedio frente a los desmanes de Velázquez de Gijón.

Mientras Landa estuvo en México, impulsó la fábrica de la Catedral, urgida constantemente por el rey. Suspendió los envíos de maíz a Cuba ya que no era conveniente para Yucatán quedarse sin reservas ante las constantes sequías y hambres.

Velázquez de Gijón vio en la naciente industria del añil posibilidades de desarrollo económico, por lo que reglamentó su extracción de acuerdo con las instrucciones recibidas de la Corona. El obispo y los franciscanos lo aceptaron ya que oficialmente no sería una carga de trabajo en detrimento de su salud y dignidad. El gobernador se ganó en su favor a los encomenderos con el apoyo dado a la industria del añil.

Las dificultades entre el obispo, los franciscanos y el gobernador debieron continuar, ya que éstos se quejaron ante el rey escribiéndole al soberano la falta de libertad para desarrollar su ministerio y las arbitrariedades que se cometían con los indios.

En 1575, asoló la epidemia de viruela y se perdieron las cosechas de los cereales por una gran sequía. Se recogieron más de 100 quintales de añil e ingresaron al erario 12,000 pesos de oro común y dos marcos y medio de plata marcada y los 32,160 pesos de la publicación de la bula de la Santa Cruzada.

La provincia prosperaba con la exportación de sus productos, especialmente el añil. Velázquez de Gijón propuso al rey la conveniencia de nombrar dos tenientes en vez de uno, residentes en Mérida y en Tabasco; que el cargo de defensor fuese temporal y que hubiese uno en cada una de las villas principales; que los indios pagasen tributo con una libra de añil en lugar de una de cera; que se impusiese una contribución del quinto a las ventas del palo de tinte y que se completara el número de regidores de Mérida para el despacho expedito de los negocios públicos.

A pesar de sus recomendaciones al rey y la prosperidad de la provincia, Felipe II resolvió destituir a Velázquez Gijón antes de terminar su período de gobierno. Cuando se supo la noticia en Yucatán, los encomenderos y favorecidos escribieron al soberano pidiéndole la prórroga de su administración. El rey no tomó en cuenta estas peticiones en las cuales aparece manifiesto el deseo de los pobladores de Yucatán de regirse por leyes propias y particulares en su régimen interno.