Vargas Machuca, Juan de  Gobernador y capitán general de Yucatán.Caballero de la Orden de Santiago. Nació en España. Sus padres fueron Alonso de Vargas e Inés de Acejas y Vargas. El 1 de junio de 1619 fue nombrado gobernador y capitán general de San Juan Puerto Rico. Al terminar su gobierno en esta isla, el juez de residencia le impuso una multa de 3,200 ducados.

El 12 de mayo de 1628 fue nombrado gobernador de Yucatán y el 15 de septiembre de ese año tomó posesión en Mérida. La provincia pasaba por una situación difícil: inundaciones causadas por un fuerte temporal, pérdida de cosechas, casas arruinadas y hambre. Vargas Machuca destacó por sus acciones para socorrer a las clases necesitadas; tomó medidas para evitar que los cereales de primera necesidad no se encarecieran; expropió en dos ocasiones los depósitos de semilla de los monopolizadores, pagándoles el precio justo y poniéndolo a la venta a un costo razonable.

El 6 de febrero de 1629, se recibió una cédula de Felipe IV donde ordenaba la creación de la armada que defendiera la costa y que debía ser sostenida por todas las provincias de la Nueva España. Los ayuntamientos secundaron la orden y acordaron crear una contribución de 7,000 pesos anuales sobre algunos artículos de consumo por un período de 15 años. El acuerdo se publicó por bando público y se inició la cobranza de este impuesto.

Aunque el gobernador fue aceptado inicialmente por la población, sus conflictos se originaron por las contrataciones que realizaba con los indígenas a través de sus capitanes a guerra que sustituían, sólo de nombre, a los jueces de grana, y que seguían como agentes de los negocios del gobernador sin tomar en cuenta la prohibición real de nombrar a estos jueces.

Se opusieron a sus nombramientos el tesorero real Juan de Cenoz, el contador Juan Ortiz de Equiliez y dos encomenderos: Diego García de Montalvo y Martín Jiménez de Rivera. Sus quejas llegaron hasta la Audiencia de México, la cual ordenó a Juan de Vargas el 3 de agosto de 1629, destituyera a los capitanes a guerra bajo multa de 4 000 ducados. Apercibió también al gobernador que de no cumplir, enviaría a un visitador a su costa para hacer ejecutar su resolución. El gobernador no hizo caso a las conminaciones de la Audiencia.

Otro motivo que le acarreó el desenlace de su situación, fue el de practicar una visita de arqueo de la real caja, sin facultad para ello. Los oficiales reales se opusieron y el gobernador no pudo efectuarla. Molesto, mandó sacar la real caja de la tesorería y llevarla a la casa de gobierno. El tesorero y el contador se negaron a entregar las llaves, por lo que puso presos a estos funcionarios y los embarcó rumbo a España. Éstos lograron enviar sus quejas a la Audiencia de México y denunciar esos atropellos, los cuales coincidieron con los que presentó Melchor López de Haro, como apoderado de Martín Jiménez de Palacios, quien solicitaba se enviara un oidor a Yucatán para intervenir ante los excesos de Juan de Vargas.

El gobernador, enterado de tales acusaciones, escribió al rey el 22 de marzo de 1630, argumentándole la necesidad de los nombramientos de los capitanes a guerra. La Audiencia de México intervino enviando al oidor Íñigo Argüello y Carvajal para realizar las averiguaciones sobre las acusaciones recibidas. Argüello, a través de su secretario, Bartolomé Rodríguez Torquemada, presentó al cabildo presidido por el gobernador, la real provisión que le confería el gobierno de la provincia y la autoridad para realizar la visita de residencia. El gobernador protestó al ver que el Ayuntamiento acataba el proveimiento de la Audiencia. Argumentó cuanto le fue posible vanamente y al terminar la sesión, el oidor Argüello comenzó a proveer. Juan de Vargas trató de intimidar al juez visitador por lo que éste se refugió en el convento de San Francisco, donde dictó auto y sobreseyó provisionalmente la causa, mientras consultaba a la Audiencia. El gobernador aún fue más lejos y publicó un bando en el que ordenó a Argüello que saliese en seis días de Mérida y 15 de la provincia. La perturbación fue tal que el obispo Gonzalo de Salazar intervino apoyándose en la Cédula Real de 12 de febrero de 1626. Publicó un edicto para que todos acatasen la provisión real dada por la Audiencia de México y quienes se opusiesen incurrirían en delito de lesa majestad. El edicto fue acatado por el propio gobernador, quien salió de Mérida para que el licenciado Argüello pudiese ejercer su comisión.

Dos meses después, el 20 de febrero de 1631, el oidor fulminó sentencia y declaró culpable a Juan de Vargas por haber nombrado jueces de grana en los pueblos de indios y no haber corregido sus abusos. Le impuso como pena la multa de 8,000 pesos de oro, la suspensión del gobierno por cuatro años y la cárcel pública en la Ciudad de México, juntamente con su teniente Gabriel de Prado y su asesor Francisco de Arceo.

Con fecha 19 de marzo de 1631, el rey le dirigió un severísimo extrañamiento y al cabildo de Mérida una amonestación para que no estorbase la ejecución de las órdenes de la Real Audiencia. Al volver el oidor a México, en marzo de 1631, quedaron al frente del gobierno los alcaldes ordinarios. Los de Mérida eran Juan de Salazar y Antonio Méndez Cancio. La Audiencia nombró a Fernando Centeno Maldonado para sucederle. Juan de Vargas murió en la cárcel pública de la Ciudad de México.