Universidad Literaria La apertura de esta universidad, se debe a los esfuerzos que habían hecho las autoridades eclesiásticas y civiles de las postrimerías de la época colonial, según Edmundo Bolio Ontiveros, hecho que ocurrió hasta 1824, por mandato de las nuevas leyes republicanas, siendo obispo Pedro Estévez de Ugarte. La Universidad quedó adscrita al Seminario Conciliar de San Ildefonso. Este instituto tuvo siempre carácter público en su larga vida. Su primer local estuvo en el del Seminario Conciliar de San Ildefonso de Mérida, es decir, en la parte trasera del palacio obispal, hoy Ateneo Peninsular. En 1833, se abrió en ella la Escuela de Medicina. En 1859, por decreto gubernamental, fue trasladada al local del antiguo Colegio de San Pedro, donde hoy se asienta la Universidad Autónoma de Yucatán. Un reglamento de esta época publicado el 5 de enero de 1864, pero aplicado desde la fecha anterior, da la lista de estudios que en ella podían realizarse, y define a la Universidad Literaria de Mérida como un «establecimiento público que tiene por objeto organizar la alta enseñanza y conferir grados literarios o académicos»; la alta enseñanza comprendía la enseñanza secundaria o preparatoria y la enseñanza superior o de facultades.
La preparatoria se dividía en tres períodos de estudio: el primero de latinidad, el segundo de filosofía y el tercero de física, cada uno con sus materias correspondientes, concluidos estos períodos se podía aspirar al grado de bachiller en filosofía, que era requisito para ingresar a cualquiera de las cuatro facultades de la Universidad: Filosofía, Medicina, Jurisprudencia y Teología.
Los estudios de filosofía se dividían en tres secciones: el primero correspondía a filosofía, el segundo a matemáticas y el último a ciencias naturales, cada sección estaba dividida en materias correspondientes. Al finalizar la segunda sección, el bachiller era ya licenciado en filosofía, si a este grado se le completaba con estudios de procedimientos judiciales de mensura y la práctica de un año bajo un profesor autorizado, el licenciado adquiría además el título de agrimensor. En cambio, si el licenciado concluía la tercera sección alcanzaba el grado de doctor en filosofía.
Los estudios de medicina duraban 10 años y se dividían en dos secciones: la primera era medicina y la segunda, farmacia. Medicina duraba seis años, y desde el quinto año, el alumno debía entrar a prácticas en el Hospital General de Mérida; concluida la primera sección, el estudiante se graduaba como licenciado en medicina y cirugía. Farmacia duraba cuatro años, las prácticas debían ser en una oficina de farmacia bajo un profesor autorizado; al término de esta sección, el licenciado en medicina y cirugía alcanzaba el título de licenciado en farmacia. Jurisprudencia se dividía en tres períodos y duraban sus estudios seis años, las prácticas eran obligatorias a partir del quinto año. El título final era el de licenciado en jurisprudencia. Teología tenía el mismo esquema de jurisprudencia, con la salvedad de que al segundo período se lograba el título de licenciado en teología, y al finalizar el tercero, el de doctor en teología.
La dirección de la Universidad, según el mismo reglamento, recaía en el claustro general y la junta directiva de alta enseñanza, el primero estaba integrado por todos los doctores graduados o incorporados, y la junta, del rector y cuatro personas más nombrados por los cuerpos facultativos o facultades. El claustro nombraba al rector y al vicerrector, y también al secretario y tesorero, estos dos, a propuesta de la junta. En este tiempo, estaban incorporados a la Universidad, el Colegio Seminario y la Academia de Ciencias y Literatura. El reglamento contemplaba un apartado de requisitos y obligaciones para todos los institutos y colegios que desearan incorporarse a la Universidad.
Fueron rectores de la Universidad Literaria los doctores: José María Guerra Rodríguez Correa, Luis Rodríguez Correa, José María Meneses y Díaz de Tenorio, Raimundo Pérez González, Manuel José Pardío, Domingo López de Somoza, Silvestre Antonio Dondé y de Estrada, todos ellos eclesiásticos, y también los seglares Alejo Doncourt, Ignacio Vado y Lugo, José Felipe de Estrad, Gregorio Cantón Cervera, José Isidro Rejón, Antonio Mediz y Chacón, Crescencio José Pinelo y Pablo José Castellanos.
En septiembre de 1864, José Salazar Ilarregui, comisario imperial de Yucatán, dispuso de la estructura de la Universidad Literaria para crear la universidad de su gobierno y que se clausuró, en 1867, al ser reorganizada la enseñanza superior estatal por el gobierno del general Manuel Cepeda Peraza.