Universidad de San Javier Institución educativa jesuita. Su antecedente es el Colegio de San Javier fundado en 1618 durante el gobierno del capitán de los reales ejércitos Francisco Ramírez Briceño y el obispado de Gonzalo de Salazar. El recinto que albergó al Colegio, fue construido gracias a los donativos de Martín de Palomar, teniente de gobernador, varias veces alcalde de Mérida y autor de la primera Relación histórica de Mérida en 1579, quien proporcionó varias casas y 20,000 pesos para el inicio de las obras. Las labores educativas comenzaron con la llegada de la Nueva España de los clérigos jesuitas: Tomás Domínguez, como superior o rector, Francisco de Contreras, Melchor Maldonado y Pedro Mena, quienes se dedicaron a la impartición de la enseñanza primaria.
El 22 de noviembre de 1624, el Colegio de San Javier obtuvo el privilegio de conferir grados académicos y por este motivo se abrieron cátedras de humanidades, filosofía, teología y derecho canónico. De esta manera, los estudiantes no tenían que ir hasta la Nueva España para obtener los títulos correspondientes. En la Universidad de San Javier se otorgaron los grados de bachiller, licenciado, maestro y doctor.
En 1648, una devastadora peste que asoló la región, segó la vida de numerosos yucatecos y entre ellos la de seis padres jesuitas, incluyendo al rector, que impartían cátedras en San Javier. Este hecho ocasionó que la Universidad estuviera a punto de cerrar, pero ante la demanda de gran número de estudiantes y de la propia sociedad de Mérida, se hicieron traer desde la Ciudad de México a nuevos maestros.
El 6 de junio de 1767, la obra educativa de los jesuitas en la Universidad de San Javier llegó a su fin: el gobernador de la provincia, mariscal Cristóbal de Zayas Guzmán y Moscoso por mandato del rey, se presentó esa misma noche de improviso ante el recinto universitario y exhortó a los padres jesuitas a abandonar Mérida lo más pronto posible. Igual suerte corrieron los jesuitas del Colegio de San José, en Campeche. Reunidos ambos grupos de jesuitas, los de Mérida y los de Campeche, se procedió a deportarlos a Roma en un buque que zarpó del puerto de Campeche el 12 de junio del citado año. La actitud hostil del monarca se entiende por el peligro que supuestamente representaba los jesuitas para el estado español.
La Universidad de San Javier en Mérida fue clausurada y confiscadas sus bibliotecas archivos y mobiliario, ante la protesta de la opinión pública y de los estudiantes de la casa de estudios.