Universidad Autónoma de Yucatán El 26 de noviembre de 1921, el ministro de Educación Pública, José Vasconcelos, y el gobernador interino de Yucatán, Manuel Berzunza, firmaron un convenio mediante el cual se acordó la colaboración del gobierno federal para el establecimiento de la Universidad Nacional del Sureste, hoy Universidad Autónoma de Yucatán. Al año siguiente, el 25 de febrero de 1922, el gobernador Felipe Carrillo Puerto promulgó el decreto núm. 15 de la Ley de Creación de esta Universidad y su primer rector fue Eduardo Urzaiz Rodríguez. El 1 de marzo de ese año, se instaló el Consejo Universitario en el local que fuera el Departamento de Educación Pública del Estado. En enero de 1923, fue designado director interino de la Facultad de Jurisprudencia el licenciado Óscar Ayuso y el gobierno federal nombró a Fernando Gamboa Berzunza su representante ante el Consejo Universitario.
Al consumarse la usurpación del gobierno por el general delahuertista Ricárdez Broca, tras el asesinato del gobernador Felipe Carrillo Puerto, en enero de 1924, renunció a la rectoría Eduardo Urzaiz y lo sustituyó en el cargo Lázaro J. Barrera. También abandonó la dirección de la Facultad de Medicina, Fernando García Andrade. Al asumir en mayo de ese año la gubernatura José María Iturralde Traconis, retornaron a la rectoría y a la dirección de la Facultad de Medicina sus anteriores titulares. Poco después sustituyó a García Andrade, el doctor Antonio Aguilar. Este mismo año, la difícil situación del erario nacional determinó que el gobierno federal suspendiera el subsidio otorgado a la Universidad Nacional del Sureste, hasta que durante la administración del presidente Adolfo Ruiz Cortines (1952-1958) las universidades de los estados empezaron nuevamente a recibir los subsidios federales.
En la administración del gobernador Álvaro Torre Díaz (1926-1930) fue nombrado rector Gonzalo Pat y Valle y se produjeron cambios en las direcciones de los planteles universitarios. Al frente de la Escuela Preparatoria quedó Ignacio Monsreal Baquedano; en Medicina, Mariano Correa Espinosa y en Derecho, Santiago Burgos Brito. Para 1927, se formó la Federación Estudiantil Yucateca, con la participación de representantes de las facultades y escuelas de la Universidad y de la Escuela Normal de Profesores; la encabezaba Antonio Betancourt Pérez. Por su parte, el gobernador Bartolomé García Correa (1930-1934) nombró como rector interino a Maximiliano Peniche Vallado, quien renunciaría a la rectoría para asumir el cargo de secretario general de Gobierno. Lo sustituyó Efraim Gutiérrez Rivas.
En 1933, el presidente de la República, Abelardo L. Rodríguez, promulgó una ley donde concedía plena autonomía a las universidades. En consecuencia, el 20 de febrero de 1936, tras la renuncia de Gutiérrez Rivas a la rectoría, fue designado Jesús Amaro Gamboa por el Consejo Universitario. A iniciativa del nuevo rector, se modificó la estructura del Consejo y se acordó otorgar a los estudiantes de las escuelas universitarias una representación igual a la que poseían maestros y directores, por lo que el 24 de marzo tomó posesión el Primer Consejo Mixto Universitario y pocos meses después eligió a Joaquín Ancona Albertos como rector de la Universidad. En su gestión, se reconstruyó y amplió el edificio central de la Universidad, ubicado en la calle 60 por 57, se abrió nuevamente la Escuela de Ingeniería, se independizó la Escuela de Odontología, antes asignada a la Facultad de Medicina, y se normalizaron los cursos de la Escuela de Química y Farmacia. El 5 de noviembre de 1938, el ejecutivo estatal promulgó el decreto núm. 98 que establecía reformas al decreto núm. 15 del 25 de febrero de 1922, mediante el cual la Universidad Nacional del Sureste cambió su denominación al de Universidad de Yucatán. Cuatro años más tarde, el Consejo Universitario eligió como rector a Maximiliano Peniche Vallado; esa noche la policía y elementos oficiales se apoderaron del edificio de la Universidad de Yucatán, lo que condujo a que días después, por decreto del gobernador Novelo Torres, se declararan nulas las elecciones, cesaran las funciones del rector y fuera nombrado uno provisional, quien resultó Enrique Aznar Mendoza. El 29 de septiembre de 1944 fue reelecto por el Consejo Universitario para un nuevo período de dos años.
En 1946, la rectoría recayó nuevamente en Eduardo Urzaiz Rodríguez; ese año el secretario de Educación Pública, Jaime Torres Bodet, fue declarado Miembro Ad Vitam del Consejo Universitario y Huésped Distinguido de la Máxima Casa de Estudios, y sustentó su examen profesional en opción al título de ingeniero civil el primer egresado de la Facultad de Ingeniería. El 18 de diciembre de 1948, se celebró en la ciudad de Oaxaca, la Quinta Asamblea Nacional de Rectores de las Universidades Mexicanas, a la cual asistió el doctor Urzaiz Rodríguez, y en ella se aprobó la creación de la Asociación Nacional de Universidades e Institutos de Educación Superior (ANUIES). En 1951, entró en funciones la nueva Facultad de Medicina Veterinaria, aprobada por el Consejo Universitario en 1950, bajo la dirección de Héber Erosa Peniche y el propio Consejo decidió el 6 de marzo restituirle a la Casa de Estudios el nombre de Universidad Nacional del Sureste. En 1952, se llevó a cabo la inauguración del nuevo local de la Facultad de Medicina, ubicado en la avenida Itzaes, frente al Hospital O’Horán. En 1955, falleció, víctima de una dolencia cardíaca, el rector Urzaiz y en sesión extraordinaria fue designado de manera interina el abogado Francisco Repetto Milán.
En sesión ordinaria, el máximo órgano de la Universidad aprobó en 1958 la institución de las carreras de químico farmacéutico biólogo y de químico industrial en la Facultad de Química. Ese año, el 7 de octubre, a propuesta del rector Repetto Milán y por unanimidad del Consejo Universitario, se resolvió que la institución retornara a su anterior nomenclatura, la de Universidad de Yucatán. Durante 1959, en solemne ceremonia, se le otorgó al presidente de México, Adolfo López Mateos, el título de doctor honoris causa de la Facultad de Jurisprudencia. El 19 de julio de 1960, el ejecutivo estatal creó la Medalla Eligio Ancona y el decreto constitutivo estableció que la designación del jurado seleccionador estaría a cargo del Consejo Universitario. En abril de 1962, el Consejo aprobó la creación de la Escuela de Comercio y Administración, bajo la dirección de Enrique López Novelo, y en septiembre de 1963 inició sus labores la Escuela de Matemáticas, dirigida por Fernando Romero Campos. El 21 de abril de 1966 comenzó sus actividades Radio Universidad y el 1 de octubre de 1970 la Escuela de Ciencias Antropológicas, bajo la dirección del Profr. Alfredo Barrera Vásquez. El 6 de julio de 1971, en sesión extraordinaria, el Consejo Universitario eligió como nuevo rector al doctor Alberto Rosado G. Cantón, y el 8 de diciembre entró en funciones la Escuela de Economía, dirigida por Eduardo Rodríguez Pérez. En 1972, se le otorgó al presidente Luis Echeverría Álvarez el doctorado honoris causa en derecho. Para ese año la Universidad ya contaba con la Escuela Preparatoria, así como las facultades y escuelas de Ciencias Antropológicas, Jurisprudencia, Medicina, Ingeniería, Química, Odontología, Comercio y Administración, Enfermería, Veterinaria y Zootecnia, Matemáticas y Economía y, para 1990, las cifras crecieron a 13 facultades, dos escuelas: Enfermería y Matemáticas, y dos preparatorias, así como 22 licenciaturas, 19 especialidades, 15 maestrías y un doctorado, este último a cargo de la Facultad de Educación. También contaba con el Centro de Investigaciones Regionales Dr. Hideyo Noguchi y una biblioteca central, la segunda en antigüedad después de la Ignacio Vado Lugo, de la Facultad de Medicina, creada en 1890.
A Rosado G. Cantón le sucedieron en la rectoría el ingeniero Álvaro J. Mimenza Cuevas, el contador Carlos Pasos Novelo y el MVZ Raúl Godoy M., designado este último en 1998. A partir de 1984, la Máxima Casa de Estudios porta el nombre de Universidad Autónoma de Yucatán. El 31 de agosto de 1984 fue promulgada por decreto núm. 257 del gobierno del estado la Ley Orgánica de la UADY, aprobado el 30 de agosto por la XLIX Legislatura local. Entonces era rector el ingeniero Mimenza Cuevas.